Рецензирование статьи CRISPR

править
Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.
Статья о адаптивном иммунитете прокариот, который взяли на вооружение биоинженеры и превратили его в одно из самых бурно развивающихся направлений прикладной науки. Требуется особая помощь с вычиткой на стиль и т. п. Буду благодарна за конструктивные замечания по содержанию и оформлению. Планирую выставить статью КИС.

P. S. Иллюстрации заказаны в Графической мастерской, как будут готовы, сразу помещу их в статью. --Eruvanda 19:04, 8 февраля 2016 (UTC)[ответить]

  • Мне очень интересно отношение сообщества к дословному переводу источников, не позволяющих подобное обращение со своим текстом.
Откроем для примера случайный абзац: Откроем ссылку 6 (doi:10.1089/hum.2015.091) и увидим в ней следующий текст:
«Распознавание и разрушение инвазивных генетических элементов основано на специфичном к последовательности связывании с мишенью рибонуклеопротеинового комплекса crРНК-Cas. Каждая направляющая crРНК формирует комплекс с белками Cas, которые производят эндонуклеолитическое разрушение последовательностей, комплементарных той части crРНК, которая комплементарна соответствующему спейсеру. Хотя мишенями, в основном, являются двуцепочечные ДНК (дцДНК), некоторые системы CRISPR-Cas могут разрушать комплементарные одноцепочечные РНК (оцРНК). Системы CRISPR-Cas, распознающие дцДНК, требовательны по отношению к соседним с протоспейсером последовательностям: в частности, в системах типов I и II распознаются только мишени, у которых к протоспейсеру прилегает особая последовательность, именуемая PAM (англ. protospacer adjacent motif). Требование в наличии у мишени PAM может служить для защиты от разрезания CRISPR-Cas клеточного генома. У систем, работающих с оцРНК, подобных требований нет. После начальной эндонуклеолитической атаки, производимой Cas, дальнейшее разрушение мишени может происходить под действием вторичных нуклеазных активностей[6]». «Invasive element recognition and interference is based on sequence-specific binding and cleavage by the crRNA-Cas ribonucleoprotein complex. Mechanistically, each crRNA guide forms an interference complex with Cas proteins that drive endonucleolytic attacks on sequences that are complementary to the spacer-derived portion of the guide RNAs, as defined by Watson-Crick pairing between the crRNA and the target nucleic acid (Fig. 1C). Though most targets are dsDNA molecules,12,16,19,20,29,33 some CRISPR/Cas systems have the ability to target complementary ssRNA.27,29,31,32,61-65 DNA-targeting CRISPR/Cas systems have evolved specific requirements for sequences adjacent to the protospacer (e.g., PAMs,14,15 or crRNA-target noncomplementarity66), whereas RNA-targeting modules have no such requirements.27,62 Following initial endonucleolytic attack(s), the target may be further degraded by secondary nuclease activities that ensure further target destruction and eradication of the exogenous elements.33,67-70».
Как нетрудно заметить, русский текст является дословным переводом английского с выпуском отдельных слов, приводящим к потере смысла (ср. первые предложения) либо весьма неочевидными заменами (interference → разрушение), причём даже без какой-либо стилистической правки во избежание англицизмов и косноязычия. В статье указан копирайт: «© 2015 by Mary Ann Liebert, Inc.». Указаний на совместимость лицензии этой статьи с википедией я не нашёл, как и указаний на допустимость перевода без согласия издательства. Прошу озвучить позицию сообщества по поводу подобного нарушения авторских прав. სტარლესს 15:23, 9 февраля 2016 (UTC)[ответить]
    • Я же написала выше, что Требуется особая помощь с вычиткой на стиль. Если вы видите очевидные стилистические огрехи — пожалуйста, правьте смело! Я значительно дополнила статью и переписала те фрагменты текста, которые могут походить на дословный перевод, однако если вы что-то ещё подобное заметите — обязательно сообщите, я исправлю и перепишу. Да, насчёт "англицизмов": увы и ах, но такова научная лексика, использующаяся в данной тематике (я не дилетант в области молекулярной биологии и CRISPR, поэтому терминологию, сложившуюся в этой тематике, я знаю). Слова, которые являются кальками с английских слов (интерференция, фланкировать, сигнатурные и так далее) — вполне устоявшиеся термины, использующиеся в русскоязчной литературе, это не я выдумала (если вы не верите и считаете подобные слова жаргоном, я могу привести конкретные книги). --Eruvanda 21:17, 11 февраля 2016 (UTC)[ответить]
      • У меня нет времени и возможности полностью вычитывать, сличать с источниками и переписывать за вами статью. Как и в прошлых статьях, тут множество критических проблем: дословный перевод (из большинства источников нельзя), потеря слов произвольным образом, приводящая к потере смысла (нужно сверять с источниками), и некорректные переводы (про «вторичные нуклеазные активности» — это просто перл). Сверять весь текст с источниками я не подписывался и не планирую, но в приведённых абзацах эти проблемы явственно видны. Англицизмы — это построение фразы по английским правилам вместо русских. Замечаний насчёт слов «интерференция», «фланкировать» и т. д. у меня нет, поскольку разницу между жаргоном и терминологией я знаю достаточно хорошо; насчёт сигнатур есть сомнения. На вашем месте я бы взял за правило читать статью, после чего на её основе вносить в викистатью одно-два предложения, написанных своими словами. Тогда не было бы проблем из-за штурмовщины. სტარლესს 21:34, 11 февраля 2016 (UTC)[ответить]
  • Я думаю, было бы не лишним добавить из английской вики таблицу Signature genes and their putative functions for the major and minor CRISPR-cas types, что бы дать полный обзор всех систем CRISPR. К тому же, в таблицу, где системы CRISPR разобраны по функциям, стоит либо добавить заглавие, после которого должны идти ссылки на источники, либо добавить ссылки на источники прямо в таблицу. Если будете выдвигать на ИС, то вам там это обязательно скажут.--Эрг 20:05, 9 февраля 2016 (UTC)[ответить]
    •   Сделано, я добавила таблицу, правда, не из en-wiki, потому что там таблица неполная. Графу "Функции" не добавляла, потому что там много неопределённостей и неоднозначностей. Насчёт таблицы в разделе о функциях CRISPR вне иммунитета —   Сделано. --Eruvanda 19:30, 11 февраля 2016 (UTC)[ответить]
    • Я бы всё-таки добавил бы графу функции, так как без неё таблица выглядит не полной. Если хотите, я могу поискать дополнительные источники для её оформления, хотя, те что уже есть выглядят вполне чётко и достоверно. Тут ведь не требуется доскональной чёткости, нужно только дать общее описание.--Эрг 16:30, 12 февраля 2016 (UTC)[ответить]
  • Есть такое понятие "Не навреди". Не понятно зачем надо было удалять полезную для читателя информацию, например новейшую сводку методик CRISPR опубликованную под редакцией Jennifer Doudna: CRISPR-Cas: A Laboratory Manual Edited by Jennifer Doudna, University of California, Berkeley; Prashant Mali, University of California, San Diego. И подобных ляпусов сделано немало Dmitry Dzhagarov 09:29, 11 февраля 2016 (UTC)[ответить]
    Пожалуйста, побольше уважения к автору, который проделал большую работу, и поменьше "фе". Например, большинству читателям Википедии данный мануал и недоступен, и мало интересен.--Victoria 16:29, 11 февраля 2016 (UTC)[ответить]
    Статьи в Википедии — не каталог ссылок. Не имеет смысл приводить список разнообразных публикаций по теме статьи в разделе «Литература»: по CRISPR их немереное множество, буквально каждые несколько дней выходят новые, и их все при желании можно найти в том же ПабМеде. Зачем сводка методик среднестатистическому читателю, непонятно. Если вы заметили, я не удаляла добавленную вами информацию в статью, только удалила раздутый список публикаций. --Eruvanda 17:53, 11 февраля 2016 (UTC)[ответить]
  • 2007 году была окончательно установлена функция системы CRISPR-Cas как специфичного к последовательностям адаптивного иммунитета

Что это значит? Специфичного к CRISPR последовательностям?--Victoria 16:29, 11 февраля 2016 (UTC)[ответить]

  • Локусы CRISPRS представлены короткими (обычно около 30—40 нуклеотидов длиной) прямыми повторами, которые отделяются друг от друга неповторяющимися спейсерами

На картинке наоборот подписано, что спейсеры повторяются.--Victoria 16:29, 11 февраля 2016 (UTC)[ответить]

Пожалуйста, перепишите раздел "Эволюционное значение" в связный текст --РАСЦВЕТ РОССИИ 10:34, 24 февраля 2016 (UTC)[ответить]