GROMACS

GROMACS (англ. groningen machine for chemical simulations, гронингенская машина для химического моделирования) пакет программ для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике. Разработан командой Германа Берендсена, работающей в отделении биофизической химии университета Гронингена. В настоящее время развивается и поддерживается усилиями энтузиастов, в число которых входят представители университета Уппсалы и королевского технологического института. Пакет предназначен для моделирования биомолекул (например, молекул белков и липидов), имеющих много связанных взаимодействий между атомами. Обеспечивает высокую скорость расчётов для несвязанных взаимодействий. Считается одним из самых быстрых инструментов. Является свободным программным обеспечением с открытым исходным кодом. Исходный код доступен под лицензией GPL.

GROMACS
Тип	Моделирование
Разработчик	университет Гронинген
Написана на	C/C++
Операционная система	Кроссплатформенный
Последняя версия	2018.1 (21 марта 2018)
Репозиторий	gitlab.com/gromacs/groma…
Читаемые форматы файлов: GROMACS Residue Topology[d] и GROMACS Residue Topology (with rem)[d]
Создаваемые форматы файлов: GROMACS Residue Topology[d] и GROMACS Residue Topology (with rem)[d]
Лицензия	GNU General Public License
Сайт	gromacs.org

См. также

• CHARMM
• NAMD
• VMD
• Charm++
• LAMMPS

Программы, используемые при моделировании из «первых принципов»

• Gaussian
• CPMD
• CRYSTAL
• ABINIT — свободная программа
• GAMESS (US)
• PC GAMESS

Ссылки

• Официальный сайт (англ.)
• Моделирование в GROMACS (практическое руководство) (рус.)
• Gromacs — установка и конфигурирование под PVM & Linux (рус.)
• Gromacs — установка и конфигурирование под OpenMPI & Linux (рус.)
• Gromacs — установка и конфигурирование для nVidia GPU & Linux (рус.)
• GROMACS on GPUs (рус.)
• Бинарники версии 4.6.5 для Windows / Cygwin