POLR2D

Полипептид D РНК-полимеразы II (управляемой ДНК)
Полипептид D РНК-полимеразы II (управляемой ДНК)
	PDB представлено на примере 2c35.
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe, RCSB
	Список идентификаторов PDB 2C35
Идентификаторы
Символ	POLR2D ; HSRBP4; HSRPB4; RBP4; RPB16
Внешние ID	OMIM: 606017 MGI: 1916491 HomoloGene: 37968 GeneCards: Ген POLR2D
номер EC	2.7.7.6
Функция	• nucleotide binding; • single-stranded DNA binding; • single-stranded RNA binding; • DNA-directed RNA polymerase activity; • translation initiation factor binding;
Компонент клетки	• cytoplasmic mRNA processing body; • nucleus; • nucleoplasm; • DNA-directed RNA polymerase II, core complex;
Биологический процесс	• nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay; • mRNA splicing, via spliceosome; • DNA repair; • transcription-coupled nucleotide-excision repair; • nucleotide-excision repair; • transcription from RNA polymerase II promoter; • transcription initiation from RNA polymerase II promoter; • transcription elongation from RNA polymerase II promoter; • 7-methylguanosine mRNA capping; • RNA splicing; • gene expression; • viral process; • mRNA export from nucleus in response to heat stress; • recruitment of 3'-end processing factors to RNA polymerase II holoenzyme complex; • positive regulation of translational initiation; • positive regulation of viral transcription;
	Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
	Больше информации
Ортологи

Субъединица RPB4 ДНК-зависимой РНК-полимеразы II — фермент, кодируемый у человека геном POLR2D^[1].

Этот ген кодирует четвертую по величине субъединицу РНК-полимеразы II, ответственной за синтез РНК у эукариот. У дрожжей, эта полимеразная субъединица связывается с полимеразой при субоптимальных условиях роста и может играть роль защиты от стресса. В 3' нетранслируемой области транскрипта этого гена содержится последовательность для рибосомального псевдогена^[2].

Примечания править

↑ Khazak V., Estojak J., Cho H., Majors J., Sonoda G., Testa J.R., Golemis E.A. Analysis of the interaction of the novel RNA polymerase II (pol II) subunit hsRPB4 with its partner hsRPB7 and with pol II (англ.) // Mol Cell Biol^[англ.] : journal. — 1998. — May (vol. 18, no. 4). — P. 1935—1945. — PMID 9528765. — PMC 121423.
↑ Entrez Gene: POLR2D polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D (неопр.).

Литература править

Jeang K.T. Tat, Tat-associated kinase, and transcription. (англ.) // J. Biomed. Sci.^[англ.] : journal. — 1998. — Vol. 5, no. 1. — P. 24—7. — doi:10.1007/BF02253352. — PMID 9570510.
Yankulov K., Bentley D. Transcriptional control: Tat cofactors and transcriptional elongation. (англ.) // Curr. Biol. : journal. — 1998. — Vol. 8, no. 13. — P. R447—9. — doi:10.1016/S0960-9822(98)70289-1. — PMID 9651670.
Romano G., Kasten M., De Falco G., et al. Regulatory functions of Cdk9 and of cyclin T1 in HIV tat transactivation pathway gene expression. (англ.) // J. Cell. Biochem.^[англ.] : journal. — 2000. — Vol. 75, no. 3. — P. 357—368. — doi:10.1002/(SICI)1097-4644(19991201)75:3<357::AID-JCB1>3.0.CO;2-K. — PMID 10536359.
Marcello A., Zoppé M., Giacca M. Multiple modes of transcriptional regulation by the HIV-1 Tat transactivator. (англ.) // IUBMB Life : journal. — 2002. — Vol. 51, no. 3. — P. 175—181. — doi:10.1080/152165401753544241. — PMID 11547919.
Stevens M., De Clercq E., Balzarini J. The regulation of HIV-1 transcription: molecular targets for chemotherapeutic intervention. (англ.) // Med Res Rev : journal. — 2007. — Vol. 26, no. 5. — P. 595—625. — doi:10.1002/med.20081. — PMID 16838299.
Harrich D., McMillan N., Munoz L., et al. Will diverse Tat interactions lead to novel antiretroviral drug targets? (англ.) // Current drug targets : journal. — 2007. — Vol. 7, no. 12. — P. 1595—1606. — doi:10.2174/138945006779025338. — PMID 17168834.
Kato H., Sumimoto H., Pognonec P., et al. HIV-1 Tat acts as a processivity factor in vitro in conjunction with cellular elongation factors. (англ.) // Genes Dev. : journal. — 1992. — Vol. 6, no. 4. — P. 655—666. — doi:10.1101/gad.6.4.655. — PMID 1559613.
Southgate C., Zapp M.L., Green M.R. Activation of transcription by HIV-1 Tat protein tethered to nascent RNA through another protein. (англ.) // Nature : journal. — 1990. — Vol. 345, no. 6276. — P. 640—642. — doi:10.1038/345640a0. — PMID 2190099.
Wu-Baer F., Sigman D., Gaynor R.B. Specific binding of RNA polymerase II to the human immunodeficiency virus trans-activating region RNA is regulated by cellular cofactors and Tat. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1995. — Vol. 92, no. 16. — P. 7153—7157. — doi:10.1073/pnas.92.16.7153. — PMID 7638159. — PMC 41297.
Herrmann C.H., Rice A.P. Lentivirus Tat proteins specifically associate with a cellular protein kinase, TAK, that hyperphosphorylates the carboxyl-terminal domain of the large subunit of RNA polymerase II: candidate for a Tat cofactor. (англ.) // J. Virol.^[англ.] : journal. — 1995. — Vol. 69, no. 3. — P. 1612—1620. — PMID 7853496. — PMC 188757.
Keen N.J., Gait M.J., Karn J. Human immunodeficiency virus type-1 Tat is an integral component of the activated transcription-elongation complex. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1996. — Vol. 93, no. 6. — P. 2505—2510. — doi:10.1073/pnas.93.6.2505. — PMID 8637904. — PMC 39827.
Yang X., Herrmann C.H., Rice A.P. The human immunodeficiency virus Tat proteins specifically associate with TAK in vivo and require the carboxyl-terminal domain of RNA polymerase II for function. (англ.) // J. Virol.^[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 70, no. 7. — P. 4576—4584. — PMID 8676484. — PMC 190394.
Agostini I., Navarro J.M., Rey F., et al. The human immunodeficiency virus type 1 Vpr transactivator: cooperation with promoter-bound activator domains and binding to TFIIB. (англ.) // J. Mol. Biol.^[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 261, no. 5. — P. 599—606. — doi:10.1006/jmbi.1996.0485. — PMID 8800208.
Zhou Q., Sharp P.A. Tat-SF1: cofactor for stimulation of transcriptional elongation by HIV-1 Tat. (англ.) // Science : journal. — 1996. — Vol. 274, no. 5287. — P. 605—610. — doi:10.1126/science.274.5287.605. — PMID 8849451.
Okamoto H., Sheline C.T., Corden J.L., et al. Trans-activation by human immunodeficiency virus Tat protein requires the C-terminal domain of RNA polymerase II. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1996. — Vol. 93, no. 21. — P. 11575—11579. — doi:10.1073/pnas.93.21.11575. — PMID 8876177. — PMC 38099.
Chun R.F., Jeang K.T. Requirements for RNA polymerase II carboxyl-terminal domain for activated transcription of human retroviruses human T-cell lymphotropic virus I and HIV-1. (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 1996. — Vol. 271, no. 44. — P. 27888—27894. — doi:10.1074/jbc.271.44.27888. — PMID 8910388.
Parada C.A., Roeder R.G. Enhanced processivity of RNA polymerase II triggered by Tat-induced phosphorylation of its carboxy-terminal domain. (англ.) // Nature : journal. — 1996. — Vol. 384, no. 6607. — P. 375—378. — doi:10.1038/384375a0. — PMID 8934526.
García-Martínez L.F., Ivanov D., Gaynor R.B. Association of Tat with purified HIV-1 and HIV-2 transcription preinitiation complexes. (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 1997. — Vol. 272, no. 11. — P. 6951—6958. — doi:10.1074/jbc.272.11.6951. — PMID 9054383.
Cujec T.P., Cho H., Maldonado E., et al. The human immunodeficiency virus transactivator Tat interacts with the RNA polymerase II holoenzyme. (англ.) // Mol. Cell. Biol.^[англ.] : journal. — 1997. — Vol. 17, no. 4. — P. 1817—1823. — PMID 9121429. — PMC 232028.
García-Martínez L.F., Mavankal G., Neveu J.M., et al. Purification of a Tat-associated kinase reveals a TFIIH complex that modulates HIV-1 transcription. (англ.) // EMBO J.^[англ.] : journal. — 1997. — Vol. 16, no. 10. — P. 2836—2850. — doi:10.1093/emboj/16.10.2836. — PMID 9184228. — PMC 1169892.

[pmid9528765-1] Khazak V., Estojak J., Cho H., Majors J., Sonoda G., Testa J.R., Golemis E.A. Analysis of the interaction of the novel RNA polymerase II (pol II) subunit hsRPB4 with its partner hsRPB7 and with pol II (англ.) // Mol Cell Biol^[англ.] : journal. — 1998. — May (vol. 18, no. 4). — P. 1935—1945. — PMID 9528765. — PMC 121423.

[2] Entrez Gene: POLR2D polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D (неопр.).

[1]

[2]