Модуль:Clade/doc

Этот модуль разработан для использования с шаблоном {{clade}} для рисования филогенетических деревьев или кладограмм. Новая комбинация шаблон-модуль расширяет возможности, доступные раньше в шаблонах {{clade}} и {{cladeR}}, одновременно воспроизводя поведение старых шаблонов, написанных на языке шаблонов. Этот модуль скопирован из английской версии en:Module:Clade.

Использование

{{#invoke:clade|main|style={{{style}}}}}

Примеры

Шаблон:Clade Структура узлов

метка1

лист 1

  метка2

метка A

лист A

  метка B

лист B

 

 лист 2 это вложенная кладограмма   метка3

лист 3

подпись3

|label1=Структура узлов  |sublabel1=(скобки)
|style1=background-color:#ffdddd;
|1={{Clade 
   |label1=метка1  
   |1=лист 1             
   |label2=метка2
      |grouplabel2= лист 2 это вложенная кладограмма
   |2={{Clade |style=background-color:#ffaaaa;
      |label1=метка A
      |1=лист A            |bar1=purple
      |label2=метка B
      |2=лист B            |bar2=purple
      }}
   |label3=метка3 |sublabel3=подпись3
   |3=лист 3           
   }}

(скобки)  

 

  Стили веток

толщина

 

1 (default)

   

2

 толщина линий    

3

 

  цвет

 

черный (по-умолчанию)

   

красный

   

синий

   

 #00ff00

 

  тип

 

сплошная (по-умолчанию)

   

пунктирная

   

штриховая

 тип линий    

нет

   

двойная

 

 

|label3=Leaf styling  |sublabel3=(branches)
|style3=background-color:#eeeeee;
|3={{Clade
   |label1=толщина
   |1={{Clade
       |1=1 (default) |thickness1=1 |barbegin1=blue 
       |2=2           |thickness2=2 |bar2=blue |barlabel2= толщина линий
       |3=3           |thickness3=3 |barend3=blue 
       }}
   |label2=цвет
   |2={{Clade
      |1=черный (по-умолчанию) |color1=black          
      |2=красный          |color2=red    
      |3=синий            |color3=blue   
      |4= #00ff00    |color4=#00ff00   
      }}
   |label3=тип
   |3={{Clade
      |1=сплошная (по-умолчанию) |state1=solid |barbegin1=purple   
      |2=пунктирная       |state2=dotted |bar2=purple  
      |3=штриховая        |state3=dashed |bar3=purple |barlabel3= тип линий
      |4=нет              |state4=none   |bar4=purple
      |5=двойная          |state5=double |barend5=purple 
      }}
   }}

(ветки) Стили узлов

толщина

 

I

   

J

   

K

 

  цвет

 

A

   

B

   

C

 

  тип

 

X

   

Y

   

Z

 

 

|label4=Стили узлов  |sublabel4=(разветвления)
|style4=background-color:#ffffee;
|4={{Clade
   |label1=толщина
   |1={{Clade |thickness=3
      |1=I  
      |2=J          
      |3=K             
      }}
   |label2=цвет
   |2={{Clade |color=red 
      |1=A
      |2=B                
      |3=C             
      }}
   |label3=тип
   |3={{Clade |state=dashed
      |1=X 
      |2=Y         
      |3=Z        
   }} }}

(разветвления)  

 

  newick

string

((lion,jaguar,leopard),((siberian,bengal)tiger,snow leopard))panthera

  subtree

panthera

 

 

lion

   

jaguar

   

leopard

 

   

tiger

 

siberian

   

bengal

 

   

snow leopard

 

 

 

 expanded Newick string  

|label6=newick  
|style6=background-color:#ddffdd;
|6={{Clade
   |label1=string
   |1=((lion,jaguar,leopard),((siberian,bengal)tiger,snow leopard))panthera         
   |label2=subtree 
   |grouplabel2= expanded Newick string    
   |grouplabelstyle2=vertical-align: middle;
   |2={{Clade |style=background-color:#ccffcc;
      |newick1=((lion,jaguar,leopard),((siberian,bengal)tiger,snow leopard))panthera
      |1=Leaf1 (redundant if newick1 set)        
      }}
   }}

  paraphyly example 

 

 

Geraniales

   

Myrtales

 

  clade

 

Crossosomatales

   

 

Picramniales

   

 

Sapindales

   

 

Huerteales

   

 

Brassicales

   

Malvales

 

 

 

 

 

 label a paraphyletic group within a clade  

|label7=paraphyly example  |style7=background-color:#ffeeff;
|7={{Clade
   |1={{Clade
      |1=[[Geraniales]]          
      |2=[[Myrtales]]            
      }}
   |grouplabel2= label a paraphyletic group within a clade   
   |label2=clade
   |style2=background-color:#ffddff;
   |2={{Clade
      |1=[[Crossosomatales]]         |barbegin1=purple
      |2={{Clade
         |1=[[Picramniales]]         |bar1=purple
         |2={{Clade
            |1=[[Sapindales]]        |bar1=purple 
            |2={{Clade
               |1=[[Huerteales]]     |bar1=purple
               |2={{Clade
                  |1=[[Brassicales]] |barend1=purple
                  |2=[[Malvales]]    |style2=background-color:#ff99ff;
   }} }} }} }} }} }}

 

Кладограмма, иллюстрирующая возможности шаблона.