Поскольку [[РНК-интерференция]] пересекается со множеством других цепочек реакций, не удивительно, что приипри экспериментальном введении миРНК могут включаться неспецифические эффекты. Когда клетка млекопитающих встречает двукцепочечную РНК, такую как мнРНК, она может принять ее за продукт вируса и запустить иммунный ответ. Кроме того, because, поскольку структурно связанные [[микроРНК]] модулируют экспрессию генов главным образом через взаимодействие c матричной РНК (мРНК), которая служит им целью, посредством неполностью комплементарных пар осенований, введение миРНК может вызвать нежелательный эффект потери цели.
