Тиоредоксиновая укладка

Тиоредоксиновая укладка — белковая укладка, общая для ферментов, катализирующих образование дисульфидной связи и изомеризацию. Укладка названа в честь канонического примера тиоредоксина и обнаруживается как в прокариотических, так и в эукариотических белках. Это пример складки альфа / бета белка, который обладает оксидоредуктазной активностью. Пространственная топология складки состоит из четырёхцепочечного антипараллельного бета-листа, заключённого между тремя альфа-спиралями.

Тиоредоксин
Одна молекула человеческого тиоредоксина (PDB ID 1ERT), канонический пример тиоредоксиновой укладки.
Идентификаторы
Символ	Thioredoxin, Trx
Pfam	PF00085
Pfam clan	CL0172
PROSITE	PDOC00172
SCOP	3trx
SUPERFAMILY	3trx
CDD	cd01659
Доступные структуры белков
Pfam	структуры
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	3D-модель

Сохранение последовательности

Несмотря на вариабельность последовательности во многих областях укладки, белки тиоредоксина имеют общую последовательность активного сайта с двумя реактивными остатками цистеина: Cys-X-Y-Cys, где X и Y часто, но не обязательно, являются гидрофобными аминокислотами. Восстановленная форма белка содержит две свободные тиоловые группы у остатков цистеина, тогда как окисленная форма содержит дисульфидную связь между ними.

Образование дисульфидной связи

Различные белки, содержащие тиоредоксиновую укладку, сильно различаются по своей реакционной способности и по pKa их свободных тиолов, что обусловлено способностью общей структуры белка стабилизировать активированный тиолат. Хотя структура довольно универсальна среди белков, содержащих тиоредоксиновую складку, pKa чрезвычайно чувствительна к небольшим изменениям в структуре, особенно к расположению атомов основной цепи белка рядом с первым цистеином.

Примеры

Белки человека, содержащие этот домен, включают:

• DNAJC10
• ERP70
• GLRX3
• P4HB; P5; PDIA2; PDIA3; PDIA4; PDIA5; PDIA6; PDILT
• QSOX1; QSOX2
• STRF8
• TXN; TXN2; TXNDC1; TXNDC10; TXNDC11; TXNDC13; TXNDC14; TXNDC15; TXNDC16; TXNDC2; TXNDC3; TXNDC4; TXNDC5; TXNDC6; TXNDC8; TXNL1; TXNL3

Примечания

• Protein folding coupled to disulphide-bond formation. // Mechanisms of Protein Folding. — 2nd. — Oxford University Press, 2000.

Ссылки

• Суперсемейство тиоредоксинов SCOP
• Топология CATH с глутаредоксином