MAP1LC3A

MAP1LC3A
MAP1LC3A
Доступные структуры
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe RCSB
Список идентификаторов PDB
Список идентификаторов PDB
	3ECI, 3WAL, 3WAN, 4ZDV
Идентификаторы
Псевдонимы	MAP1LC3A, ATG8E, LC3, LC3A, MAP1ALC3, MAP1BLC3, microtubule associated protein 1 light chain 3 alpha
Внешние ID	OMIM: 601242 MGI: 1915661 HomoloGene: 12021 GeneCards: MAP1LC3A
Расположение гена (человек)
Расположение гена (человек)
Хр.	20-я хромосома человека
Конец	34,560,345 bp
Расположение гена (Мышь)
Расположение гена (Мышь)
Хр.	2-я хромосома мыши
Конец	155,119,993 bp
Паттерн экспрессии РНК
Паттерн экспрессии РНК
	Наибольшая экспрессия в
	цитоархитектоническое поле Бродмана 9;
	Наибольшая экспрессия в
	seminiferous tubule; ; dorsomedial hypothalamic nucleus;
	Дополнительные справочные данные
	н/д
Генная онтология
Генная онтология
Молекулярная функция	phosphatidylethanolamine binding; связывание с белками плазмы; phospholipid binding; ubiquitin protein ligase binding; microtubule binding;
Компонент клетки	цитоплазма; мембрана органеллы; цитозоль; late endosome; мембрана; аутофагосома; микротрубочка; цитоскелет; цитоплазматическая везикула; система эндомембран; autolysosome; autophagosome membrane; синапс;
Биологический процесс	аутофагия; Митофагия; autophagosome assembly; response to iron(II) ion; response to lead ion; response to nutrient levels; cellular response to amino acid starvation; response to morphine; cellular response to hydrogen peroxide; cellular response to copper ion; cellular response to nitrogen starvation; cellular response to starvation; macroautophagy; autophagosome maturation;
	Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
Ортологи
	84557
	66734
	ENSG00000101460
	ENSMUSG00000027602
	Q9H492
	Q91VR7
	NM_032514; NM_181509
	NM_025735
	NP_115903; NP_852610
	NP_080011
	Информация в Викиданных
Смотреть (человек)	Смотреть (мышь)

MAP1LC3A (англ. Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A) — белок клеточной системы аутофагии, продукт гена человека MAP1LC3A^[5]^[6]^[7] . Является ортологом белка дрожжей Atg8^[8].

Структура править

Белок состоит из 121 аминокислоты, молекулярная масса 14,3 кДа.

Функции править

Белки MAP1A и MAP1B являются белками, связанными с микротрубочками, и обеспечивают физическое взаимодействие между микротрубочками и компонентами цитоскелета. MAP1A и MAP1B представляют собой субъединицы тяжёлые цепи, каждая из которых может связываться с несколькими лёгкими цепями (LC1, LC2, LC3). Лёгкая цепь MAP1LC3A (LC3) может взаимодействовать с обеими тяжёлыми цепями^[7].

Убиквитин-подобный белок, который вовлечён в формирование аутофагосом^[9]^[10]. LC3 ирает роль в удлинении мембраны фагофора, тогда как белки подсемейства GABARAP/GATE-16 являются критическими на более поздней стадии при созревании аутофагосомы^[9].

Примечания править

↑ ¹ ² ³ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000101460 - Ensembl, May 2017
↑ ¹ ² ³ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027602 - Ensembl, May 2017
↑ Ссылка на публикацию человека на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
↑ Ссылка на публикацию мыши на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
↑ Mann S. S., Hammarback J. A. Gene localization and developmental expression of light chain 3: a common subunit of microtubule-associated protein 1A(MAP1A) and MAP1B (англ.) // J Neurosci Res^[англ.] : journal. — 1997. — May (vol. 43, no. 5). — P. 535—544. — doi:10.1002/(SICI)1097-4547(19960301)43:5<535::AID-JNR3>3.0.CO;2-J. — PMID 8833088.
↑ Pankiv S., Clausen T. H., Lamark T., Brech A., Bruun J. A., Outzen H., Overvatn A., Bjorkoy G., Johansen T. p62/SQSTM1 binds directly to Atg8/LC3 to facilitate degradation of ubiquitinated protein aggregates by autophagy (англ.) // J Biol Chem : journal. — 2007. — August (vol. 282, no. 33). — P. 24131—24145. — doi:10.1074/jbc.M702824200. — PMID 17580304.
↑ ¹ ² Entrez Gene: MAP1LC3A microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha (неопр.). Архивировано 5 декабря 2010 года.
↑ Valente G., Morani F., Nicotra G., Fusco N., Peracchio C., Titone R., Alabiso O., Arisio R., Katsaros D., Benedetto C., Isidoro C. Expression and clinical significance of the autophagy proteins BECLIN 1 and LC3 in ovarian cancer (англ.) // Biomed Res Int^[англ.] : journal. — 2014. — Vol. 2014. — P. 462658. — doi:10.1155/2014/462658. — PMID 25136588. — PMC 4127242.
↑ ¹ ² Cherra S. J., Kulich S. M., Uechi G., Balasubramani M., Mountzouris J., Day BW et al. Regulation of the autophagy protein LC3 by phosphorylation. (англ.) // J Cell Biol^[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 190, no. 4. — P. 533—539. — doi:10.1083/jcb.201002108. — PMID 20713600. — PMC 2928022.
↑ Suzuki H., Tabata K., Morita E., Kawasaki M., Kato R., Dobson RC et al. Structural basis of the autophagy-related LC3/Atg13 LIR complex: recognition and interaction mechanism. (англ.) // Structure : journal. — 2014. — Vol. 22, no. 1. — P. 47—58. — doi:10.1016/j.str.2013.09.023. — PMID 24290141.

Литература править

Snásel J., Pichová I. The cleavage of host cell proteins by HIV-1 protease. (англ.) // Folia Biol. (Praha) : journal. — 1997. — Vol. 42, no. 5. — P. 227—230. — doi:10.1007/BF02818986. — PMID 8997639.
Wallin M., Deinum J., Goobar L., Danielson U. H. Proteolytic cleavage of microtubule-associated proteins by retroviral proteinases (англ.) // Journal of General Virology^[англ.] : journal. — Microbiology Society^[англ.], 1990. — Vol. 71, no. 9. — P. 1985—1991. — doi:10.1099/0022-1317-71-9-1985. — PMID 2212989.
Schoenfeld T. A., McKerracher L., Obar R., Vallee R. B. MAP 1A and MAP 1B are structurally related microtubule associated proteins with distinct developmental patterns in the CNS (англ.) // J. Neurosci.^[англ.] : journal. — 1989. — Vol. 9, no. 5. — P. 1712—1730. — doi:10.1523/JNEUROSCI.09-05-01712.1989. — PMID 2470876.
Mann S. S., Hammarback J. A. Molecular characterization of light chain 3. A microtubule binding subunit of MAP1A and MAP1B (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 1994. — Vol. 269, no. 15. — P. 11492—11497. — PMID 7908909.
Hartley J. L., Temple G. F., Brasch M. A. DNA Cloning Using In Vitro Site-Specific Recombination (англ.) // Genome Res.^[англ.] : journal. — 2001. — Vol. 10, no. 11. — P. 1788—1795. — doi:10.1101/gr.143000. — PMID 11076863. — PMC 310948.
Wiemann S., Weil B., Wellenreuther R., etal. Toward a Catalog of Human Genes and Proteins: Sequencing and Analysis of 500 Novel Complete Protein Coding Human cDNAs (англ.) // Genome Res.^[англ.] : journal. — 2001. — Vol. 11, no. 3. — P. 422—435. — doi:10.1101/gr.GR1547R. — PMID 11230166. — PMC 311072.
Bonnet C., Boucher D., Lazereg S., etal. Differential binding regulation of microtubule-associated proteins MAP1A, MAP1B, and MAP2 by tubulin polyglutamylation (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2001. — Vol. 276, no. 16. — P. 12839—12848. — doi:10.1074/jbc.M011380200. — PMID 11278895.
Deloukas P., Matthews L. H., Ashurst J., etal. The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 20 (англ.) // Nature : journal. — 2002. — Vol. 414, no. 6866. — P. 865—871. — doi:10.1038/414865a. — PMID 11780052.
Strausberg R. L., Feingold E. A., Grouse L. H., etal. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
He H., Dang Y., Dai F., etal. Post-translational modifications of three members of the human MAP1LC3 family and detection of a novel type of modification for MAP1LC3B (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2003. — Vol. 278, no. 31. — P. 29278—29287. — doi:10.1074/jbc.M303800200. — PMID 12740394.
Tanida I., Sou Y. S., Ezaki J., etal. HsAtg4B/HsApg4B/autophagin-1 cleaves the carboxyl termini of three human Atg8 homologues and delipidates microtubule-associated protein light chain 3- and GABAA receptor-associated protein-phospholipid conjugates (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2004. — Vol. 279, no. 35. — P. 36268—36276. — doi:10.1074/jbc.M401461200. — PMID 15187094.
Kouno T., Mizuguchi M., Tanida I., etal. 1H, 13C, and 15N resonance assignments of human microtubule-associated protein light chain-3 (англ.) // J. Biomol. NMR^[англ.] : journal. — 2005. — Vol. 29, no. 3. — P. 415—416. — doi:10.1023/B:JNMR.0000032505.99071.ea. — PMID 15213446.
Goehler H., Lalowski M., Stelzl U., etal. A protein interaction network links GIT1, an enhancer of huntingtin aggregation, to Huntington's disease (англ.) // Mol. Cell^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 15, no. 6. — P. 853—865. — doi:10.1016/j.molcel.2004.09.016. — PMID 15383276.
Gerhard D. S., Wagner L., Feingold E. A., etal. The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC) (англ.) // Genome Res.^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2121—2127. — doi:10.1101/gr.2596504. — PMID 15489334. — PMC 528928.
Wiemann S., Arlt D., Huber W., etal. From ORFeome to Biology: A Functional Genomics Pipeline (англ.) // Genome Res.^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2136—2144. — doi:10.1101/gr.2576704. — PMID 15489336. — PMC 528930.
Kouno T., Mizuguchi M., Tanida I., etal. Solution structure of microtubule-associated protein light chain 3 and identification of its functional subdomains (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2005. — Vol. 280, no. 26. — P. 24610—24617. — doi:10.1074/jbc.M413565200. — PMID 15857831.
Sou Y. S., Tanida I., Komatsu M., etal. Phosphatidylserine in addition to phosphatidylethanolamine is an in vitro target of the mammalian Atg8 modifiers, LC3, GABARAP, and GATE-16 (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2006. — Vol. 281, no. 6. — P. 3017—3024. — doi:10.1074/jbc.M505888200. — PMID 16303767.
Mehrle A., Rosenfelder H., Schupp I., etal. The LIFEdb database in 2006 (англ.) // Nucleic Acids Res.^[англ.] : journal. — 2006. — Vol. 34, no. Database issue. — P. D415—8. — doi:10.1093/nar/gkj139. — PMID 16381901. — PMC 1347501.

[refGRCh38EnsemblENSG00000101460-1] ¹ ² ³ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000101460 - Ensembl, May 2017

[refGRCm38EnsemblENSMUSG00000027602-2] ¹ ² ³ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027602 - Ensembl, May 2017

[3] Ссылка на публикацию человека на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] Ссылка на публикацию мыши на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid8833088-5] Mann S. S., Hammarback J. A. Gene localization and developmental expression of light chain 3: a common subunit of microtubule-associated protein 1A(MAP1A) and MAP1B (англ.) // J Neurosci Res^[англ.] : journal. — 1997. — May (vol. 43, no. 5). — P. 535—544. — doi:10.1002/(SICI)1097-4547(19960301)43:5<535::AID-JNR3>3.0.CO;2-J. — PMID 8833088.

[pmid17580304-6] Pankiv S., Clausen T. H., Lamark T., Brech A., Bruun J. A., Outzen H., Overvatn A., Bjorkoy G., Johansen T. p62/SQSTM1 binds directly to Atg8/LC3 to facilitate degradation of ubiquitinated protein aggregates by autophagy (англ.) // J Biol Chem : journal. — 2007. — August (vol. 282, no. 33). — P. 24131—24145. — doi:10.1074/jbc.M702824200. — PMID 17580304.

[entrez-7] ¹ ² Entrez Gene: MAP1LC3A microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha (неопр.). Архивировано 5 декабря 2010 года.

[8] Valente G., Morani F., Nicotra G., Fusco N., Peracchio C., Titone R., Alabiso O., Arisio R., Katsaros D., Benedetto C., Isidoro C. Expression and clinical significance of the autophagy proteins BECLIN 1 and LC3 in ovarian cancer (англ.) // Biomed Res Int^[англ.] : journal. — 2014. — Vol. 2014. — P. 462658. — doi:10.1155/2014/462658. — PMID 25136588. — PMC 4127242.

[pmid20713600-9] ¹ ² Cherra S. J., Kulich S. M., Uechi G., Balasubramani M., Mountzouris J., Day BW et al. Regulation of the autophagy protein LC3 by phosphorylation. (англ.) // J Cell Biol^[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 190, no. 4. — P. 533—539. — doi:10.1083/jcb.201002108. — PMID 20713600. — PMC 2928022.

[pmid24290141-10] Suzuki H., Tabata K., Morita E., Kawasaki M., Kato R., Dobson RC et al. Structural basis of the autophagy-related LC3/Atg13 LIR complex: recognition and interaction mechanism. (англ.) // Structure : journal. — 2014. — Vol. 22, no. 1. — P. 47—58. — doi:10.1016/j.str.2013.09.023. — PMID 24290141.

[5]

[6]

[7]

[8]

[1]

[2]

[3]

[4]

[9]

[10]