Рецензирование статьи Цикл трикарбоновых кислот
правитьЗдесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.
Ещё одна статья о важнейшем биохимическом процессе. В дальнейшем планирую выставить статью КХС или КИС, в зависимости от того, что получится по итогам рецензирования. Как мне кажется, тема для КИС раскрыта достаточно полно, однако очень хотелось бы услышать мнения коллег о том, чего всё-таки не хватает и что ещё надо улучшить, какие проскакивают ляпы и неточности. Стиль, естественно, далеко не безупречен, поэтому замечания по стилю также очень приветствуются. Буду очень рада, если кто-нибудь поможет русифицировать картинки, потому что мои технические возможности в этом деле ограничены. С уважением, --Eruvanda 12:45, 26 июля 2014 (UTC)
Sirozha.ru
править- Еще одна отличная статья. Такая продуктивность вызывает у меня искренний восторг, Eruvanda! --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)
- Спасибо, стараемся :) --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Если в гликолизе я полностью согласен с тем, чтобы разделы назывались Стадия 1, стадия 2... то в ЦИКЛЕ это, на мой взгляд, несколько некорректно. --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)
- А как тогда лучше эти разделы назвать? По-английски то и в гликолизе, и в ЦТК это назвается просто step. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Может, никак и не называть? Раздел назвать "стадии" вместо "механизм" (вообще механизм может быть у конкретной реакции), и далее подразделы "образование цитрата" и так далее до "окисление малата до оксалоацетата"
- Нет, никак не называть не получится, иначе на эти стадии никак не сошлёшься, если не пронумеровать их. А чем не подходит Стадия 1, стадия 2...? --Eruvanda 14:49, 10 августа 2014 (UTC)
- Может, никак и не называть? Раздел назвать "стадии" вместо "механизм" (вообще механизм может быть у конкретной реакции), и далее подразделы "образование цитрата" и так далее до "окисление малата до оксалоацетата"
- А как тогда лучше эти разделы назвать? По-английски то и в гликолизе, и в ЦТК это назвается просто step. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Учитывая то, что этот цикл играет КЛЮЧЕВУЮ роль в метаболизме, например, практически всех аминокислот. И информацию, изложенную в разделе "анаплеротические реакции", а также некоторые современные данные об особенностях цикла в разных клетках,
не следует так вот объявлять его посредником между гликолизом и дыхательной цепью. --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)- И можете указать, пожалуйста, где ЦТК называется «посредником между гликолизом и дыхательной цепью»? Что-то на мой замыленный взгляд они не попадаются... Мне кажется, наоборот тут и там говорится о неэнергетических функциях ЦТК. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Странно, но 26 июля у меня сложилось именно такое впечатление. Сегодня читаю и наоборот мне показалось, что с методической точки зрения во введении неплохо бы изложить значение ЦТК как промежуточного этапа между гликолизом и ЭТЦ. --Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)
- Сделано, вкратце указала, так как подробнее это раскрывается по тексту статьи. --Eruvanda 14:49, 10 августа 2014 (UTC)
- Странно, но 26 июля у меня сложилось именно такое впечатление. Сегодня читаю и наоборот мне показалось, что с методической точки зрения во введении неплохо бы изложить значение ЦТК как промежуточного этапа между гликолизом и ЭТЦ. --Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)
- И можете указать, пожалуйста, где ЦТК называется «посредником между гликолизом и дыхательной цепью»? Что-то на мой замыленный взгляд они не попадаются... Мне кажется, наоборот тут и там говорится о неэнергетических функциях ЦТК. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Кстати, гликолиз заканчивается пируватом, ЦТК начинается ацетатом (Ас-S-СоА). Вы планируете написать статью про ПДК, или может быть, добавить информацию об этой важной стадии между гликолизом и ЦТК в одну из этих статей? --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)
- На эту тему я недавно написала статью Окислительное декарбоксилирование пирувата. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Комментарий: Странно, что я ее не заметил, когда искал про пируватдегидрогеназный комплекс. Статья о ПДК находится в зачаточно-плачевном состоянии. Обе эти статьи в формате энциклопедии не обязательно нужны, может, стоит сделать редирект с ПДК на Окислительное декарбоксилирование? Но это так, оффтоп. -Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)
- Думая, лучше просто доработать статью про ПДК :) Может, на днях займусь. --Eruvanda 14:49, 10 августа 2014 (UTC)
- Комментарий: Странно, что я ее не заметил, когда искал про пируватдегидрогеназный комплекс. Статья о ПДК находится в зачаточно-плачевном состоянии. Обе эти статьи в формате энциклопедии не обязательно нужны, может, стоит сделать редирект с ПДК на Окислительное декарбоксилирование? Но это так, оффтоп. -Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)
- На эту тему я недавно написала статью Окислительное декарбоксилирование пирувата. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
Virgilius
править- Могу помочь с русификацией изображений, если подробно напишите на каких картинках, какие надписи, как переводятся Virgilius 10:20, 28 июля 2014 (UTC)
- Спасибо за предложение, обязательно напишу перевод подписей, когда получу нормальный доступ к Интернету. С уважением, --Eruvanda 13:05, 29 июля 2014 (UTC)
Подписи к картинкам
правитьВот перевод подписей к картинкам:
1. Oxidation and... = Окисление и декарбоксилирование изоцитрата до α-кетоглутарата
2. Succinyl CoA = Сукцинил-CoA, Succinate = Сукцинат
3. Inter-membrane space = Межмебранное пространство, inner mitochondrial membrane = Внутренняя митохондриальная мембрана, Matrix = Матрикс, Heme = Гем, Complex II = Комплекс II.
4. Proton transfer = Перенос протонов, Fumarate = Фумарат, (S)-Malate = (S)-Малат
С уважением, --Eruvanda 14:58, 10 августа 2014 (UTC)
- Ссылка на архив с отредактированными файлами, названия оставил такие же, только в конце добавил Rus https://yadi.1111sk/d/tcnMdLm9ZP4Ui , проверяйте (из ссылки удалите 1111, редактор не пропускает) Virgilius 17:21, 10 августа 2014 (UTC)
- Ой, а может Вы сможете их на Викисклад загрузить? Я, в принципе, и сама могу сделать, но, если у Вас нет там аккаунта, то я не знаю, как указать, что именно Вы перевели подписи... --Eruvanda 18:27, 10 августа 2014 (UTC)
- Можете меня нигде не указывать, к тому же перевод ваш, а я только подправил немного картинки и все ;) Virgilius 18:53, 10 августа 2014 (UTC)
- Окей ;) Спасибо Вам огромное за помощь! --Eruvanda 19:24, 10 августа 2014 (UTC)
- Что-то у меня ссылка не открывается... Что-то в ней поломано. --Eruvanda 18:18, 13 августа 2014 (UTC)
Shell
править- «Из α-кетоглутарата, образующегося в цикле трикарбоновых кислот, синтезируются аминокислоты глутамин, глутамат, пролин, аргинин
, а также пурины.» --Shell 23:10, 17 августа 2014 (UTC)- Ленинджер считает иначе. Приведите, пожалуйста, АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- См. раздел о биосинтезе пуринов в любом доступном учебнике по биохимии (в том же Ленинджере). --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Альфа-кетоглутарат может быть превращён в глутамат, а уже из глутамата синтезируются пурины, нет разве? --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC)
- См. раздел о биосинтезе пуринов в любом доступном учебнике по биохимии (в том же Ленинджере). --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Ленинджер считает иначе. Приведите, пожалуйста, АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- «Цитрат участвует в синтезе жирных кислот и стеролов.» Каким образом? --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)
- https://mcb.berkeley.edu/labs/krantz/mcb102/lect_S2008/MCB102-SPRING2008-LECTURE14-FATTY_ACID_CHOLESTEROL_BIOSYNTH_REG.pdf. Эта информация есть также в Ленинджере, но если у Вас есть АИ, говорящие об обратном, — приведите, пожалуйста. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Хорошо, теперь я понял. :) Я имею в виду, что нужно обязательно уточнить, что из цитрата образуется AcCoA и то, что цитрат — регулятор. Это всё резко проясняет. --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Сделано, уточнила --Eruvanda (обс) 15:08, 29 августа 2014 (UTC)
- Хорошо, теперь я понял. :) Я имею в виду, что нужно обязательно уточнить, что из цитрата образуется AcCoA и то, что цитрат — регулятор. Это всё резко проясняет. --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- https://mcb.berkeley.edu/labs/krantz/mcb102/lect_S2008/MCB102-SPRING2008-LECTURE14-FATTY_ACID_CHOLESTEROL_BIOSYNTH_REG.pdf. Эта информация есть также в Ленинджере, но если у Вас есть АИ, говорящие об обратном, — приведите, пожалуйста. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Оксалоацетат служит предшественником аргинина? --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)
- Если верить Кольману и Рёму, то да. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- В таком случае нужно также прояснить, каким таким боком и коим образом оксалоацетат — предшественник аргинина. Кольман и Рём этот момент как-то объясняют? Описывают путь биосинтеза аргинина, отмечают прекурсорную роль в нём именно оксалоацетата? --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Нет, у них нет пояснений на этот счёт. Удалила это, потому что иных подтверждений образованию аргинина из оксалоацетата мне найти не удалось. --Eruvanda (обс) 15:08, 29 августа 2014 (UTC)
- В таком случае нужно также прояснить, каким таким боком и коим образом оксалоацетат — предшественник аргинина. Кольман и Рём этот момент как-то объясняют? Описывают путь биосинтеза аргинина, отмечают прекурсорную роль в нём именно оксалоацетата? --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Если верить Кольману и Рёму, то да. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Очевидно, что глиоксилатный шунт способен выполнять анаплеротическую функцию. Почему же в подразделе «Анаплеротические пути» о нём не упоминается? ИМХО, нужно упомянуть. --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)
- Сделано --Eruvanda 09:50, 24 августа 2014 (UTC)
- В разделе «Модификации и родственные пути» не увидел упоминания цикла Арнона — Бьюкенена?!. --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)
- Сделано, написала, спасибо Вам большое, что указали! --Eruvanda 09:50, 24 августа 2014 (UTC)
- «цитратсинтазная реакция представляет собой конденсацию Клайзена» Цитратсинтазная реакция — не есть конденсация Кляйзена (!), более верно было бы написать так: «происходит по типу альдольной конденсации». --Shell 00:21, 24 августа 2014 (UTC)
- В статье Конденсация Клайзена написано, то можно и Клайзена, и Кляйзена. Пожалуйста, приведите АИ для Вашего варианта. Информация про конденсацию Клайзена в цитратсинтазной реакции есть в Ленинджере, т. е. она подтверждена АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Эфир (AcCoA) выступает метиленовой компонентой, в качестве карбонильной компоненты — кетон (оксалоацетат). Это есть альдольная конденсация. Ну ладно, если думаете, что разница между альдольной конденсацией и конденсацией Кляйзена (хорошо характеризует конденсацию Кляйзена синоним: ацилирование по Кляйзену) неочевидна, я попробую подыскать подходящие АИ. --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC) P. S. 1, 2; «aldol-like condensation» на русском правильно будет «по типу альдольной конденсации». --Shell 15:43, 24 августа 2014 (UTC)
- Вот что пишет нам "Биохимия Ленинджера": по сути это конденсация Клайзена
The reaction catalyzed by citrate synthase is essentially a Claisen condensation, involving a thioester (AcCoA) and ketone (Ox-Ac)
Lehninger biochemistry, 4 Ed, 2005 p.608 --Sirozha.ru 02:30, 25 августа 2014 (UTC)- Не стоит игнорировать хорошо обоснованное мнение множества других авторов, которые считают, что цитратсинтазная, гомоцитратсинтазная, цитрамалатсинтазная, 2-изопропилмалатсинтазная и прочие подобные «carboxymethyl-forming» реакции происходят по типу альдольной конденсации (aldol-type reaction), а по типу конденсации Кляйзена — ацилтрансферазные реакции другого типа (тиоэфир в этих реакциях играет роль карбонильной компоненты), например, реакция, которую катализирует тиолаза (образование ацетоацетил-CoA из AcCoA). Показательно описание вот здесь мевалонатного пути, в котором первый и второй шаги как раз являются примерами разных типов коденсаций. И да, ещё. Когда ссылаются на фразу, когда цитируют, то хорошим тоном (в том числе и по отношению к автору цитаты) является дословное цитирование, без всяких мелких искажений. --Shell 13:41, 25 августа 2014 (UTC)
- Сделано: оставила две точки зрения, про альдольную конденсацию как основную. --Eruvanda (обс) 15:23, 29 августа 2014 (UTC)
- Не стоит игнорировать хорошо обоснованное мнение множества других авторов, которые считают, что цитратсинтазная, гомоцитратсинтазная, цитрамалатсинтазная, 2-изопропилмалатсинтазная и прочие подобные «carboxymethyl-forming» реакции происходят по типу альдольной конденсации (aldol-type reaction), а по типу конденсации Кляйзена — ацилтрансферазные реакции другого типа (тиоэфир в этих реакциях играет роль карбонильной компоненты), например, реакция, которую катализирует тиолаза (образование ацетоацетил-CoA из AcCoA). Показательно описание вот здесь мевалонатного пути, в котором первый и второй шаги как раз являются примерами разных типов коденсаций. И да, ещё. Когда ссылаются на фразу, когда цитируют, то хорошим тоном (в том числе и по отношению к автору цитаты) является дословное цитирование, без всяких мелких искажений. --Shell 13:41, 25 августа 2014 (UTC)
- В статье Конденсация Клайзена написано, то можно и Клайзена, и Кляйзена. Пожалуйста, приведите АИ для Вашего варианта. Информация про конденсацию Клайзена в цитратсинтазной реакции есть в Ленинджере, т. е. она подтверждена АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Почему все (за исключением одного) «CoA» набраны кириллицей? (см. также Окислительное декарбоксилирование пирувата, я там на СО уже задавал вопрос об этом) --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Чисто для быстроты набора. Это вообще довольно принятая в ру-ВП практика — записываемые латинскими буквами названия писать кириллическими буквами, которые совпадают в латинице и кириллице. Мне кажется, что в нашем случае это необязательно исправлять (не название же статьи, в конце концов), и можно не тратить на это время. --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC)
Итог
правитьТак как новых замечаний больше не поступало, а выявленные недостатки устранены, выставляю статью КИС. --Eruvanda (обс) 15:22, 3 сентября 2014 (UTC)