Обсуждение:Белки

Архив обсуждений

Untitled

"Белки длиной от 2 до нескольких десятков аминокислотных остатков часто называют пептидами, при большей степени полимеризации — белками, хотя это деление весьма условно."

Это НЕКОРРЕКТНОЕ утверждение.Из выделенной части цитаты следует, что кто то может назвать последовательность из 2-х аминокислот белком - явная путаница понятий "белок" и "пептид". Явно смешаны в кучу понятия белка и пептида, полипептида и олигопептида. Все поставлено с ног на голову. Все белки - пептиды, но не все пептиды - белки! Любая последовательность а/к - пептид! (поэтому, то утверждение ВООБЩЕ не имеет смысла!) То что написано (последовательность до 10-20 а/к) - это вообще то определение олигопептида по Химинциклопедии/ИЮПАК, но нельзя терминологически называть ологопептид белком - эти множества не перекрываются!

Я бы вообще эту фразу убрал, а в самом начале в определении белка взял бы из статьи "Полипептиды", что белок - это полипептид, с условной границей длинной не менее 50-90 и(или) массой не менее 5000-10 000 кДа (там, в "Пептидах", есть 2 ссылки на ИЮПАК, Химинциклопедию, Ленинджера - всего 5 ссылок, где эта граница численно условно определяется авторитетными источниками). Если есть другие точки зрения (например, что кто какие то авторитетные биохимики сознательно называют белком последовательность их 2-х аминокислот), то эту точку зрения можно оставить ТОЛЬКО с указанием ссылки на источник!

Методы количественного анализа белков

Раскрыто далеко не полностью. Например, такой важный метод, как метод Къельдаля (Кьельдаля), не рассматривается вообще (правда, это - метод определения общего азота и сырого протеина, но именно его можно использовать как универсальный метод, тогда как остальные относятся к растворимым белкам), более того, я вообще не нашёл в Википедии. Как будет время, попробую составить статью, потом можно обсудить возможность введения сюда ссылки vvi 14:29, 20 января 2010 (UTC)

вырожденность аминокислот

Различные аминокислоты имеют разную степень вырожденности (кодируются от 1 до 6 кодонами) — данная фраза представляется не вполне корректной. Вырожденность — прерогатива генетического кода, аминокислоты к вырожденности отношения не имеют. Как переформулировать не знаю --Sirozha.ru 02:23, 15 марта 2010 (UTC)

Верно, уточнил. S.J. 02:37, 15 марта 2010 (UTC)

Много неточностей

Правлю тут ряд неточностей благодаря конструктивной критики внешних ресурсов, удивляюсь как статья попала в избранные ... Впрочем все по мелочам, но очень много .. S.J. 20:11, 15 марта 2010 (UTC)

• Вот таких правок можно сделать действительно очень много, смысла это не меняет. Как и переписывание кусков статьи о генетическом коде в эту. Внешние ресурсы Вас еще не такому научат, продолжайте.--Victoria 20:35, 15 марта 2010 (UTC)

  Ой, ну причем тут это - это всего лишь для красоты, и не это я тут имел введу. Ничего переписано не было, просто если сказали А, то нужно сказать и Б ... где этому место - это отдельный вопрос. В статье о генетическом коде этого не было. S.J. 20:46, 15 марта 2010 (UTC)

1. Мембранные белки — находятся в мембране, где нет воды, но части их выступают из мембраны в воду. Мембраны создают поверхность клетки, а внутри нее — разные замкнутые объемы (компартмены). Мембраны состоят из жира (липидов) и белков. Особая роль мембранных белков (которые составляют половину веса мембраны) — обеспечить транспорт через нее различных веществ, а также сигналов. Мембрана — это, так сказать «изолятор», а белки (каналы в них) — «проводники». Эти проводники специфичны, каждый из них пропускает через мембрану только определенные молекулы (посредством небольшого изменения конформации белка, то есть размещения атомов) или сигналы от определенных молекул. — в этом абзаце неточностей получилось намноооого больше, чем полезных сведений. Особенно порадовал компартмен.--Sirozha.ru 02:20, 16 марта 2010 (UTC)

   Неточностей тут нету :) это почти слово в слово из учебника Финкельштейн, Птицын, Физика белка, Лекция 12. Поэтому будьте осторожны в своих высказываниях. Вот, что значит критиковать то чего не знаешь - так не нароком можно и общепризнанным научным авторитетам сказать что они ерунду пишут - вот только бы потом стыдно не было бы ? S.J. 03:23, 16 марта 2010 (UTC)

   Стыдно должно быть авторам двенадцатой лекции "пособия" Физика белка, может быть они и признаны научными авторитетами, но в процитированной главе написали чепуху. А на ваше замечание удивляюсь как статья попала в избранные могу лишь заметить, что меня удивляет почему "пособия" по физике белка (после прочтения выдержек из них) и их авторов считают авторитетами. --Sirozha.ru 04:12, 16 марта 2010 (UTC)

   Ежику понятно, что мембранные белки находятся в мембране. Далее получается, что снаружи мембрана плавает в воде, хотя снаружи клетку окружает межклеточное пространство, там конечно намного больше воды, чем в мембране, но все-таки не озеро. Про «разные замкнутые объемы» — компартмены вряд ли бы написал сколько нибудь сведущий в клеточной биологии специалист. Как авторы представляют себе транспорт различных сигналов через мембрану посредством белков? Через GPCR, например? Но там сигнал не транспортируется, а передается. Ионные каналы -- другое дело, но в данном случае транспортируется не сигнал, а ионы, сигнальная молекула остается связанной какое то время на поверхности клетки с мембранным белком. Мембрана — это, так сказать «изолятор», а белки (каналы в них) — это, как бы «проводники» это стиль не энциклопедии, а студента, который экзамен провалил. Или физика, который считает, что здорово придумал как ввернуть родной термин в незнакомую науку. Изменение конформации белка в общем является изменением размещения атомов. Или изменением положения атомов друг относительно друга, но принципиален в данном случае совершенно иной момент -- ковалентные связи при этом не разрушаются и не образуются. Про атомы физики в данном случае вообще могут спокойно забыть. Вы конечно можете неограниченно цитировать "пособия" общепризнанных авторов, но советую вам выбирать такие учебники, которые подвергались редакторской правке. --Sirozha.ru 04:17, 16 марта 2010 (UTC)

   Там много вкусностей. С.149 :"Сидящие (!!!) на альфа спиралях гидрофобные группы обращены "наружу"...[] Полярные же группы - их немного - обращены внутрь очень узкого канала, по которому идет (!!!, даже без кавычек) протон". Куда идем мы с протонОм? С.148 : "В "жирном" (!!! не гидрофобном, а именно жирном), почти безводном липидном окружении цена (!!!) каждой водородной связи очень высока, что заставляет белковую цепь, уж если она попадает в мембрану (!!! тут я вообще автоагрегирую с образованием нерастворимой суспензии), далее бла-бла-бла. Почем водородные связи? Авторы крайне вольно обращаются с терминологией, складывается ощущение, что все описание структур и процессов служит как прикрытие введения крайне ФГМных физических моделей. Глубокоуважаемые коллеги, относитесь скептичнее к печатному слову. Engineer Gena 10:53, 21 марта 2010 (UTC)

Соглашусь с тем, что авторы крайне вольно обращаются с терминологией. Слово «кислый» в русском языке означает вкусовые качества, а для обозначения химической природы (свойств) применяется слово «кислотный» («кислотные свойства»). Как будто речь идёт не о химических свойствах, а об органолептических свойствах; и авторы пробовали на язык каждую аминокислоту (в чистом виде аминокислоты могут проявлять токсичность).

Почему-то говорится об оснОвных свойствах, об основаниях, а затем раз - и щелочи. Разве недостаточно основания, нужна только щелочь? Могу предложить эксперимент: налейте в кружку молока и опустите туда кусочек лимона. Если свернется, то щелочь необязательна, хватит и основания. И вообще, разве белок - это щелочь? Я видела банку с настоящей щелочью, она дымит если открыть крышку (энергия реакции с атмосферной водой), а если налить воду, то может взорваться. Авторы «пособия» не понимают разницы между щелочью и основанием. Все щелочи - основания, но не все основания - щелочи. Если б белки были щелочью, то наша кожа бы взорвалась от контакта с водой. Не зря же едкий натр называется «едким».

Предложение добавить информацию в статью

http://elementy.ru/news/164682 предлагаю добавить для лучшего понимания кодирования кодонов. (20.07.10) — Эта реплика добавлена с IP 77.37.151.190 (о) 14:09, 20 июля 2010 (UTC)

• возможно, не ссылку, но переработанный текст со ссылкой на исследование, но не на сайт Элементы, можно включить в статью "Генетический код", или в Трансляция (биология). --Sirozha.ru 14:49, 20 июля 2010 (UTC)

также есть 21 аминокислота селеноцистеин открыта недавно!

• аминокислота селеноцистеин открыта давно --Sirozha.ru 07:25, 9 сентября 2010 (UTC)
• вот оригинальная статья F. Zinoni, A. Birkmann, W. Leinfelder and A. Bock (1987). "Cotranslational Insertion of Selenocysteine into Formate Dehydrogenase from Escherichia coli Directed by a UGA Codon". PNAS. 84 (10): 3156—3160. doi:10.1073/pnas.84.10.3156. PMC 304827. PMID 3033637.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) --Sirozha.ru 07:27, 9 сентября 2010 (UTC)

Фраза

Спираль построена исключительно из одного типа стереоизомеров аминокислот (L) - в разделе про первичную структуру. Так как в белках вообще могут быть только L-аминокислоты, то это уточнение выглядит излишним. Впрочем, если авторы статьи считают, что так лучше - то пусть будет. --Yuriy Kolodin 12:15, 18 декабря 2010 (UTC)

Деградация белков

С удивлением обнаружила, что в статье нет ни слова о деградации белков, которая является логическим завершением их жизненного цикла. Недочёт, однако. OpossumK 19:08, 14 июля 2012 (UTC)

Кто может синтезировать протеин

Добавьте пожалуйста информацию, какие организмы могут получать протеин (аминокислоты) из аммиака (нитратов, мочевины) и источника энергии (углеводов). Например, растения могут так синтезировать протеин, а человек не может и должен получать его с пищей. А грибы могут синтезировать указанным путём? Интересует подробная информация. 87.252.227.84 10:52, 17 августа 2012 (UTC)

Оротидилат-декарбоксилаза (78 миллионов лет и 18 миллисекунд)

Оротидин-5´-фосфат-декарбоксилаза (оротидилат-декарбоксилаза) — важный фермент, участвующий в биосинтезе пиримидиновых нуклеотидов. Как я понял, именно об этом ферменте идёт речь в указанном источнике. Другие синонимы: OMP decarboxylase, Orotidylic decarboxylase, (Orotate decarboxylase), UMP synthase. Название «оротат-карбоксилаза» неправильно, ИМХО. Shell 20:02, 16 ноября 2012 (UTC)

• Вы, похоже, правы, не считая того, что названия ферментов по-русски пишутся без дефисов, если не содержат аббревиатур и цифр. То есть должно быть оротидин-5'-фосфатдекарбоксилаза (думаю, лучше давать рекомендованное название). Так что правьте смело--OpossumK 21:35, 16 ноября 2012 (UTC)

Неточности и нестыковки

В разделе «История изучения» написано, что термин протеин был предложен Берцелиусом в 1838, а двумя строчками ниже — что теория Мульдера 1836 года была названа теорией протеина. Доступа к приведённым источникам у меня нет, так что проверить, откуда ноги растут, сама не могу--OpossumK 16:41, 3 января 2013 (UTC)

• В англовики такой вариант Proteins were first described by the Dutch chemist Gerardus Johannes Mulder and named by the Swedish chemist Jöns Jacob Berzelius in 1838. (ссылка сюда, html вариант статьи есть у гугла)--Sirozha.ru 02:12, 2 февраля 2013 (UTC)
  • Спасибо, я примерно к такому же варианту пришла, только вот насчёт года сомневалась. В следующую правку добавлю вашу ссылку--OpossumK 05:57, 2 февраля 2013 (UTC)

Нашла несколько неверно указанных дат, причём эти даты легко проверяются. Теперь есть сомнения во всех остальных. Есть ли у кого-нибудь надёжные источники, по которым можно это всё выверить?--OpossumK 20:32, 3 января 2013 (UTC)

Протеины и протеиды

Стоит ли считать «протеины» синонимом «белков», если даже в БСЭ говорится:

"Б. делят на простые — протеины, состоящие только из аминокислот, и сложные — протеиды, в состав молекулы которых входят, кроме аминокислот, и другие соединения."

В таком случае, возможно, стоит убрать слово "протеины" из самой первой строки статьи, и изменить страницу перенаправления протеины? Tookser 06:09, 14 июля 2013 (UTC)

Вариант: Белки делятся на простые (протеины, состоящие только из полипептидных цепей) и сложные (протеиды, содержащие помимо белковой части небелковую часть - простетическую группу). Сложные белки в зависимости от простетической группы делятся на нуклеопротеиды, липопротеиды, гликопротеиды, хромопротеиды, металлопротеиды и фосфопротеиды.

Каталитическая реакция

Неверно указано количество ферментов - "К 2013 году было описано более 5000 тысяч ферментов[65][66]." либо "тысяч" лишнее, либо "000" Anonimous 02:09, 20 мая 2017 (UTC)

Исправлено. --Bff (обс.) 21:27, 19 июня 2017 (UTC)

Белки это якобы "линейные полимеры"

Какие же они "линейные полимеры" если есть ещё и ковалентные связи между двумя остатками цистеина — дисульфидные мостики ? ) Даёшь АИ ! --Pudendatebra (обс.) 08:54, 23 января 2019 (UTC)

Добавление примеров в «Классификацию по типу строения»

В «Классификацию по типу строения» к фибриллярным белкам следует добавить эластин. Примеры глобулярных белков: альбумины, глобулины, проламины, глютелины.

Пластическая функция белков

Понятие «структурная функция» уже, чем «пластическая». Потому что к структурной функции белков относится придавать форму цитоскелету (и органеллам), входя в состав мембран. Но белки отвечают не только за форму цитоскелета, но и входят в состав межклеточного вещества. Межклеточное вещество состоит не только из волокон (например коллагеновых), но также из аморфного матрикса, в состав которого из белков входят альбумины и глобулины. Кроме того, пластическую функцию выполняют фибронектин и протеогликаны. В статье говорится только о коллагене, эластине и кератине.

Нелепость

Белки также делятся на гидрофильные (водорастворимые) и гидрофобные (водоотталкивающие). К гидрофильным относится большинство белков цитоплазмы, ядра и межклеточного вещества, в том числе нерастворимые кератин и фиброин.

Говоря короче, к водорастворимым относятся, в том числе, нерастворимые. Или, может быть, "гидрофильные (водорастворимые)" - формулировка неточная? Michael MM (обс.) 11:50, 25 октября 2021 (UTC)

Новые сведения

Самый известный случай необратимой денатурации белка в быту — это приготовление куриного яйца, когда под воздействием высокой температуры...

Вроде, пишут, уже обратима... Michael MM (обс.) 10:47, 11 января 2022 (UTC)