Обсуждение:CRISPR

Рецензирование статьи CRISPR

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Статья о адаптивном иммунитете прокариот, который взяли на вооружение биоинженеры и превратили его в одно из самых бурно развивающихся направлений прикладной науки. Требуется особая помощь с вычиткой на стиль и т. п. Буду благодарна за конструктивные замечания по содержанию и оформлению. Планирую выставить статью КИС.

P. S. Иллюстрации заказаны в Графической мастерской, как будут готовы, сразу помещу их в статью. --Eruvanda 19:04, 8 февраля 2016 (UTC)

• Мне очень интересно отношение сообщества к дословному переводу источников, не позволяющих подобное обращение со своим текстом.

Откроем для примера случайный абзац:

Откроем ссылку 6 (doi:10.1089/hum.2015.091) и увидим в ней следующий текст:

«Распознавание и разрушение инвазивных генетических элементов основано на специфичном к последовательности связывании с мишенью рибонуклеопротеинового комплекса crРНК-Cas. Каждая направляющая crРНК формирует комплекс с белками Cas, которые производят эндонуклеолитическое разрушение последовательностей, комплементарных той части crРНК, которая комплементарна соответствующему спейсеру. Хотя мишенями, в основном, являются двуцепочечные ДНК (дцДНК), некоторые системы CRISPR-Cas могут разрушать комплементарные одноцепочечные РНК (оцРНК). Системы CRISPR-Cas, распознающие дцДНК, требовательны по отношению к соседним с протоспейсером последовательностям: в частности, в системах типов I и II распознаются только мишени, у которых к протоспейсеру прилегает особая последовательность, именуемая PAM (англ. protospacer adjacent motif). Требование в наличии у мишени PAM может служить для защиты от разрезания CRISPR-Cas клеточного генома. У систем, работающих с оцРНК, подобных требований нет. После начальной эндонуклеолитической атаки, производимой Cas, дальнейшее разрушение мишени может происходить под действием вторичных нуклеазных активностей[6]».

«Invasive element recognition and interference is based on sequence-specific binding and cleavage by the crRNA-Cas ribonucleoprotein complex. Mechanistically, each crRNA guide forms an interference complex with Cas proteins that drive endonucleolytic attacks on sequences that are complementary to the spacer-derived portion of the guide RNAs, as defined by Watson-Crick pairing between the crRNA and the target nucleic acid (Fig. 1C). Though most targets are dsDNA molecules,12,16,19,20,29,33 some CRISPR/Cas systems have the ability to target complementary ssRNA.27,29,31,32,61-65 DNA-targeting CRISPR/Cas systems have evolved specific requirements for sequences adjacent to the protospacer (e.g., PAMs,14,15 or crRNA-target noncomplementarity66), whereas RNA-targeting modules have no such requirements.27,62 Following initial endonucleolytic attack(s), the target may be further degraded by secondary nuclease activities that ensure further target destruction and eradication of the exogenous elements.33,67-70».

Как нетрудно заметить, русский текст является дословным переводом английского с выпуском отдельных слов, приводящим к потере смысла (ср. первые предложения) либо весьма неочевидными заменами (interference → разрушение), причём даже без какой-либо стилистической правки во избежание англицизмов и косноязычия. В статье указан копирайт: «© 2015 by Mary Ann Liebert, Inc.». Указаний на совместимость лицензии этой статьи с википедией я не нашёл, как и указаний на допустимость перевода без согласия издательства. Прошу озвучить позицию сообщества по поводу подобного нарушения авторских прав. სტარლესს 15:23, 9 февраля 2016 (UTC)

• • Я же написала выше, что Требуется особая помощь с вычиткой на стиль. Если вы видите очевидные стилистические огрехи — пожалуйста, правьте смело! Я значительно дополнила статью и переписала те фрагменты текста, которые могут походить на дословный перевод, однако если вы что-то ещё подобное заметите — обязательно сообщите, я исправлю и перепишу. Да, насчёт "англицизмов": увы и ах, но такова научная лексика, использующаяся в данной тематике (я не дилетант в области молекулярной биологии и CRISPR, поэтому терминологию, сложившуюся в этой тематике, я знаю). Слова, которые являются кальками с английских слов (интерференция, фланкировать, сигнатурные и так далее) — вполне устоявшиеся термины, использующиеся в русскоязчной литературе, это не я выдумала (если вы не верите и считаете подобные слова жаргоном, я могу привести конкретные книги). --Eruvanda 21:17, 11 февраля 2016 (UTC)
    • У меня нет времени и возможности полностью вычитывать, сличать с источниками и переписывать за вами статью. Как и в прошлых статьях, тут множество критических проблем: дословный перевод (из большинства источников нельзя), потеря слов произвольным образом, приводящая к потере смысла (нужно сверять с источниками), и некорректные переводы (про «вторичные нуклеазные активности» — это просто перл). Сверять весь текст с источниками я не подписывался и не планирую, но в приведённых абзацах эти проблемы явственно видны. Англицизмы — это построение фразы по английским правилам вместо русских. Замечаний насчёт слов «интерференция», «фланкировать» и т. д. у меня нет, поскольку разницу между жаргоном и терминологией я знаю достаточно хорошо; насчёт сигнатур есть сомнения. На вашем месте я бы взял за правило читать статью, после чего на её основе вносить в викистатью одно-два предложения, написанных своими словами. Тогда не было бы проблем из-за штурмовщины. სტარლესს 21:34, 11 февраля 2016 (UTC)
• Я думаю, было бы не лишним добавить из английской вики таблицу Signature genes and their putative functions for the major and minor CRISPR-cas types, что бы дать полный обзор всех систем CRISPR. К тому же, в таблицу, где системы CRISPR разобраны по функциям, стоит либо добавить заглавие, после которого должны идти ссылки на источники, либо добавить ссылки на источники прямо в таблицу. Если будете выдвигать на ИС, то вам там это обязательно скажут.--Эрг 20:05, 9 февраля 2016 (UTC)
  • Сделано, я добавила таблицу, правда, не из en-wiki, потому что там таблица неполная. Графу "Функции" не добавляла, потому что там много неопределённостей и неоднозначностей. Насчёт таблицы в разделе о функциях CRISPR вне иммунитета — Сделано. --Eruvanda 19:30, 11 февраля 2016 (UTC)
  • Я бы всё-таки добавил бы графу функции, так как без неё таблица выглядит не полной. Если хотите, я могу поискать дополнительные источники для её оформления, хотя, те что уже есть выглядят вполне чётко и достоверно. Тут ведь не требуется доскональной чёткости, нужно только дать общее описание.--Эрг 16:30, 12 февраля 2016 (UTC)
    • Сделано, добавила. --Eruvanda 15:12, 13 февраля 2016 (UTC)

• Пожалуйста, не делайте так никогда. Читатель будет введен в заблуждение, если на этот дифф не посмотрит и не увидит, где источник к тексту перед добавленным искать. — Hardnox^¿ 21:29, 9 февраля 2016 (UTC)
  • Исправлено, проставила источник к тексту перед добавленным. --Eruvanda 17:53, 11 февраля 2016 (UTC)

• Есть такое понятие "Не навреди". Не понятно зачем надо было удалять полезную для читателя информацию, например новейшую сводку методик CRISPR опубликованную под редакцией Jennifer Doudna: CRISPR-Cas: A Laboratory Manual Edited by Jennifer Doudna, University of California, Berkeley; Prashant Mali, University of California, San Diego. И подобных ляпусов сделано немало Dmitry Dzhagarov 09:29, 11 февраля 2016 (UTC)

  Пожалуйста, побольше уважения к автору, который проделал большую работу, и поменьше "фе". Например, большинству читателям Википедии данный мануал и недоступен, и мало интересен.--Victoria 16:29, 11 февраля 2016 (UTC)

  Статьи в Википедии — не каталог ссылок. Не имеет смысл приводить список разнообразных публикаций по теме статьи в разделе «Литература»: по CRISPR их немереное множество, буквально каждые несколько дней выходят новые, и их все при желании можно найти в том же ПабМеде. Зачем сводка методик среднестатистическому читателю, непонятно. Если вы заметили, я не удаляла добавленную вами информацию в статью, только удалила раздутый список публикаций. --Eruvanda 17:53, 11 февраля 2016 (UTC)

• 2007 году была окончательно установлена функция системы CRISPR-Cas как специфичного к последовательностям адаптивного иммунитета

Что это значит? Специфичного к CRISPR последовательностям?--Victoria 16:29, 11 февраля 2016 (UTC)

• • Исправлено, уточнила. --Eruvanda 17:53, 11 февраля 2016 (UTC)

• Локусы CRISPRS представлены короткими (обычно около 30—40 нуклеотидов длиной) прямыми повторами, которые отделяются друг от друга неповторяющимися спейсерами

На картинке наоборот подписано, что спейсеры повторяются.--Victoria 16:29, 11 февраля 2016 (UTC)

• • Да, картинка не очень: всё серое, и спейсеры выглядят одинаковыми. Удалила эту картинку, в Графической мастерской заказаны более выразительные иллюстрации. --Eruvanda 17:53, 11 февраля 2016 (UTC)
• Непонятно, что означает всюду встречающееся в статье сокращение РАМ? Можно в начале статьи дать расшифровку и ясное определение?--Эрг 13:33, 14 февраля 2016 (UTC)
  • Это аббревиатура расшифрована при первом упоминании (раздел "Общие принципы", подраздел "Приобретение протоспейсеров"). --Eruvanda 17:06, 14 февраля 2016 (UTC)
• Зависящая от структуры (чего?) интеграция нового спейсера.--Victoria 16:10, 18 февраля 2016 (UTC)
  • Мутный оборот, убрала его. --Eruvanda 17:09, 19 февраля 2016 (UTC)
• для работы которого необходимы NTP - АТФ? или и другие нуклеозидтрифосфаты?--Victoria 16:10, 18 февраля 2016 (UTC)
  • Нуклеозидтрифосфаты. Расшифровка дана при первом упоминании сокращения NTP. --Eruvanda 17:04, 19 февраля 2016 (UTC)
• NTPазный домен? - домен гидролиза АТФ/нуклеозидтрифосфатов?--Victoria 16:10, 18 февраля 2016 (UTC)
  • Домен гидролиза нуклеозидтрифосфатов (сокращение NTP расшифровано при первом упомнинании). --Eruvanda 17:04, 19 февраля 2016 (UTC)

Пожалуйста, перепишите раздел "Эволюционное значение" в связный текст --РАСЦВЕТ РОССИИ 10:34, 24 февраля 2016 (UTC)

• ВП:НДА. Не, повредничать не выйдет :) --Eruvanda 10:49, 24 февраля 2016 (UTC)

• КИС. --Eruvanda 20:20, 27 февраля 2016 (UTC)

Про введение. Мне немного мешает обилие скобок во введении. Некоторые из них совсем необязательны. И вопрос: насколько я понимаю, с локусов CRISPRR считывается РНК, кусочки которой входят в состав рибонуклеопротеида, вторую функциональную часть которого составляет белок Cas. Ген, кодирующий белок Cas, может быть ассоциирован с локусом CRISPRR, а может быть где-то отдельно. Сейчас из введения можно понять, что с локусов CRISPR считывается белок Cas. Или моя картина мира не верна?--Abogomazova 07:07, 18 февраля 2016 (UTC)

Я понятия не имею, кто добавил бред про то, что белки Cas считываются с CRISPR. Вернула введение как было. --Eruvanda 17:33, 19 февраля 2016 (UTC)

Биоинженерия vs генная инженерия

Интересно, почему выбран термин "биоинженерия", когда здесь речь идёт о манипуляциях с наследственным материалом клетки, то есть о генной инженерии?--Abogomazova 08:12, 18 февраля 2016 (UTC)

• Иногда в источниках встречался и термин "биоинженерия". Заменила на "генная инженерия". --Eruvanda 17:29, 19 февраля 2016 (UTC)

Прошлые инфекции

В «Приобретение спейсеров» использован термин «инфекция» — «Спейсеры составляют иммунологическую память, в которой хранится информация о прошлых инфекциях, и именно она лежит в основе ответа на повторное вторжение сходных генетических элементов.». Инфекция не самый подходящий термин в данном случае, так как речь идёт о заражении вирусом.

Изолированная статья?

Очень проработанная, подробная статья, даже статус избранной получила. Но относящаяся к CRISPR информация в общих статьях Генетическая инженерия и генетически модифицированный организм не отражена фактически никак. Может, кто-нибудь разбирающийся в теме возьмется пополнить раздел "методы" вышеупомянутых статей краткой выдержкой отсюда? Хотел посмотреть, что у нас есть на тему юридического признания/непризнания результатов CRISPR-редактирования как генетически модифицированных организмов, а в общих статьях и метод-то такой упоминается исключительно в "см. также". По теме и здесь ничего нет - но это уже подробности... --Шуфель (обс.) 10:10, 26 мая 2017 (UTC)

Понятность преамбулы

Хотелось бы более интуитивно пояснения понятия в преамбуле. Дальше то уже можно разворачивать, наверное, за это и признали статью избранной. Но на мой взгляд самое важное - дать интуитивное понимание термина. Вот давайте разберём преамбулу с точки зрения человека, не имеющего учёных степеней в области биологии (а для таких и существуют ведь энциклопедии), но интересующегося темой, понимающего базовые термины.

• "CRISPR (от англ. clustered regularly interspaced short palindromic repeats — короткие палиндромные повторы, регулярно расположенные группами[1])"

Ну, ладно, английский термин, но ссылки на палиндромный повтор не было. Я добавил, хотя отдельной статьи не существует, только раздел в статье "палиндром"

• особые локусы бактерий и архей[2], состоящие из прямых повторяющихся последовательностей, которые разделены уникальными последовательностями (спейсерами)

Сразу масса вопросов. Локус - просто участок, адрес. Важно ли именно местоположение или содержимое? Если содержимое, то может быть и писать о последовательности, фрагменте. А то это как вместо гена писать о его локусе. Далее, "локус бактерий". Понятно, что специалисту так быстрее и понятнее написать. Но не правильнее будет "локус хромосом бактерий", хотя, лучше вовсе без локусов в преамбуле всё-таки. "Прямая повторяющаяся последовательность" это что? Палиндром наводит на мысли как раз об обратных последовательностях. Если это термин, то нужно ссылку, а так только сбивает. Какие ещё возможны последовательности кроме прямых, что имеется в виду? Да и то, что это последовательность нуклеотидов было бы не лишним указать, ведь статью может читать человек, вообще не имеющий представления о том из какой области термин, ну и просто это корректнее. Про спейсеры, разумеется, нужно идти вникать в соответствующую статью. Но смотрите, наличие спейсеров это именно функционально важный элемент термина? Может быть сначала указать суть того, что там хранится - фрагменты геномов встречавшихся "врагов" для последующей работы иммунной системы? А уже структура хранения это несколько вторично ведь. Это как описывать не сюжет книги в первую очередь, а шрифт, которым она издана.

• Спейсеры заимствуются из чужеродных генетических элементов, с которыми сталкивалась клетка (бактериофагов, плазмид).

Поставил тут ссылку на генетические элементы (не должно в описании вводиться терминов без ссылок, это путает), хотя так ли нужно вводить очередной термин тут если перечисление полностью описывает возможный их набор? Если нет, то нужно, конечно. Они могут быть и не чужеродные, я правильно понимаю? Слово какое-то... не очень способствующее пониманию. Клетка могла ведь сталкиваться и со множеством не вредящих ей генетических элементов. То есть надо как-то отметить враждебность, наверное?

• РНК, транскрибирующиеся с локусов CRISPR, совместно с ассоциированными белками Cas обеспечивают адаптивный иммунитет...

Тут очень плохо. Вводится новый термин - белок Cas. У меня нет ни малейшего представления о том, что это, но нет ни ссылки, ни пояснений - ничего. Описание идёт просто как данное, а не как определение именно термина Cas.

• ...за счёт комплементарного связывания РНК с нуклеиновыми кислотами чужеродных элементов и последующего разрушения их белками Cas.

Именно кислоты, не нуклеотиды? То есть РНК клетки связывается с РНК/ДНК (нуклеиновые кислоты) "чужеродных элементов"? Я правильно понял? Прямо вот со всей молекулой или с отдельными участками? Может, с нуклеотидами всё-таки?

• Впрочем, к настоящему моменту имеется немало свидетельств участия CRISPR в процессах, не связанных с иммунитетом.

Такие общие фразы и сочетания типа "к настоящему моменту" не очень удачны на мой взгляд. Время идёт, момент меняется. Если есть сведения, можно же просто вкратце указать: "Также имеются сведения, что CRISPR участвует в таких-то процессах".

• Использование методик CRISPR-Cas[de] для направленного редактирования геномов является перспективным направлением в современной генной инженерии.

Наконец-то, изложено самое главное - то, почему вообще человек, не являющийся узким специалистом в данной области, зайдёт в эту статью. А узкий специалист ведь в неё и не зайдёт. Зачем? Но изложено как данность. Вдруг откуда-то уже взялись методики, о которых ничего не сказано, только даётся ссылка на немецкую версию и сообщается, что их использование перспективно. Но ведь эти методики и есть то, из-за чего возникает такой интерес к теме. Может, лучше написать что-то вроде такого: "Исследование данных последовательностей дало возможность разработать методы для непосредственного редактирования генома различных организмов, включая человека, получившие название CRISPR-Cas". А то из фразы вообще непонятно о каких геномах речь, почему вообще это считается таким важным. Ведь вначале речь шла только про архей и бактерий.

• На 2016 год учёные широко используют подходы, основанные на системах CRISPR-Cas; возможно, в будущем эти подходы будут применять в медицине для лечения наследственных заболеваний[3].

Статья активно редактируется. Разве уже не используется этот метод для излечения от серповидноклеточной анемии?

• Также CRISPR-Cas имеет значение для адресной доставки лекарств и их высвобождения при внешнем воздействии — для этого используются материалы, в состав которых входят участки ДНК[4].

То было про методики CRISPR-Cas, тут уже просто CRISPR-Cas. Путает. Метод наверное позволяет что-то сделать, а не просто "имеет значение". Значения имеют какие-то существующие явления, как некая данность. То есть понятнее было бы что-то вроде: "Методика CRISPR-Cas позволяет выполнять адресную доставку лекарств и их высвобождение при внешнем воздействии. Для этого используются материалы, в состав которых входят участки ДНК[4]." Кстати, какие участки ДНК, чьей ДНК? Пары уточняющих слов было бы достаточно. Куда выполняется адресная доставка тоже не очень ясно.
Править сам не буду, не настолько глубоко понимаю тему. Хочется призвать тех, кто разбирается, ставить себя на место неспециалистов, для которых и пишется статья. Dron007 (обс.) 23:27, 1 января 2020 (UTC)