Mercury (кристаллография)
Mercury — бесплатное программное обеспечение, разработанное Кембриджским центром кристаллографических данных. Первоначально разработано как инструмент визуализации кристаллической структуры . Mercury предоставляет возможность трехмерной визуализации кристаллической структуры, а также рисовании и анализе кристаллической упаковки и межмолекулярных взаимодействий[1]. Текущая версия Mercury может читать файлы типов «.cif», «.mol», «.mol2», «.pdb», «.res», «.sd» и «.xyz». Mercury имеет собственный формат файла с расширением имени файла «.mryx»[2].
| Mercury (Crystal Structure Visualisation, Exploration and Analysis software) | |
|---|---|
 Mercury 4. 2. 0. screenshot | |
| Автор | F. H. Allen |
| Разработчик | Кембриджским центром кристаллографических данных |
| Операционные системы | Windows, Linux 64-bit, MacOS |
| Первый выпуск | 2001 |
| Последняя версия | Mercury 4.2.0 (2019) |
| Тестовая версия | Mercury 4.2.0 |
| Лицензия | Free download software |
| Сайт | ccdc.cam.ac.uk/Community/csd-community/freemercury/ |
История править
Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) разработал и запустил две программы, названные ConQuest и Mercury[3], которые работают под Windows и различными типами Unix, включая Linux. ConQuest как поисковый интерфейс для Cambridge Structural Database (CSD) с кодом Fortran, который выполняет широкий спектр задач, таких как поиск двухмерных и трехмерных подструктур. Программа Mercury представлена как визуализатор кристаллической структуры, обладающий возможностями работы с межмолекулярными контактами. Программа Mercury полностью написана на объектно-ориентированном C++. Для создания графического интерфейса используется библиотека C++ Qt, а для рендеринга трехмерной графики — OpenGL. Основная цель первого поколения Mercury была обеспечить трехмерное изображение кристаллических структур в форматах .MOL2, .PDB, .CIF, .MOL[4]. В первой версии около 2800 пользователей подписались на список обновлений Mercury по электронной почте[5]. Версия Mercury 2.0, выпущенная в 2008 году, содержит дополнительные инструменты для интерпретации и сравнения тенденций упаковки в кристаллических структурах. С 2015 года Mercury предоставляет дополнительные функции для создания 3D-печати[6]. Текущая версия 4.0 Mercury в большей степени усовершенствовала свой визуальный интерфейс по сравнению со своими старыми версиями[2].
Лицензия править
Mercury доступен в виде бесплатной загрузки программного обеспечения и полной версии Mercury с более расширенными функциями, доступными с лицензией CSD, расширенные функции отключаются при отсутствии такой лицензии. Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) предоставляет лицензию CSD академическим учреждениям[2].
См. также править
Примечания править
- ↑ Clare F., Macrae (28 February 2006). "Mercury: visualization and analysis of crystal structures" (PDF). Journal of Applied Crystallography. 39. doi:10.1107/S002188980600731X.
- ↑ 1 2 3 Mercury User Guide and Tutorials. ccdc.cam.ac.uk. Дата обращения: 18 апреля 2022. Архивировано 19 апреля 2022 года.
- ↑ Allen, Frank H. (2002-05-29). "The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising". Acta Crystallographica Section B Structural Science. 58 (3). International Union of Crystallography (IUCr): 380—388. doi:10.1107/s0108768102003890. ISSN 0108-7681.
- ↑ Bruno, I. J. "New software for searching the Cambridge Structural Database and visualizing crystal structures". Acta Crystallographica Section B. B58. doi:10.1107/S0108768102003324. Архивировано 23 апреля 2022. Дата обращения: 18 апреля 2022.
- ↑ I. Sovago, C. F. Macrae. "Mercury 4.0: from visualization to analysis, design and prediction" (PDF). Journal of Applied Crystallography. 53. doi:10.1107/S1600576719014092. Архивировано (PDF) 3 февраля 2022. Дата обращения: 18 апреля 2022.
- ↑ 3D Printing: Easy as 1, 2, 3! (англ.). The Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC) (19 августа 2015). Дата обращения: 18 мая 2019. Архивировано 18 мая 2019 года.
Ссылки править
- ccdc.cam.ac.uk/Community/csd-community/freemercury/ — официальный сайт Mercury