Википедия:Кандидаты в избранные статьи/Гликолиз

Кандидат в избранные статьи

Правила обсуждения На этой странице обсуждается кандидат в избранные статьи русской Википедии. В ходе обсуждения может быть принято решение о её номинации в хорошие. Вниманию обсуждающих От принимающих участие в обсуждении ожидается ответственность в своём выборе: перед голосованием прочитайте статью полностью. При обсуждении, пожалуйста, придерживайтесь следующих принципов: Не пишите, что статья или тема статьи не интересна вам или кому-то ещё — с этим ничего не поделаешь: у людей могут быть разные предпочтения. Неаргументированные голоса «против» являются неконструктивными и будут проигнорированы; Не пишите, что статья написана хорошо, но из-за темы ей не место на заглавной странице: важна не тема, а качество статьи; Обязательно подписывайтесь; Если вы хотите отозвать свои замечания (например, потому что недочёты были исправлены), зачеркните их (<s></s>), но не удаляйте; Если вы сделали замечание по поводу кандидата, посматривайте на его подстраницу, чтобы вовремя зачеркнуть своё замечание, когда недочёт будет устранён; Соблюдайте спокойствие и доброжелательное отношение к авторам статьи и участникам её обсуждения. Зачастую автор сильно привязан к своему творению, и излишне резкие и/или необоснованные замечания могут его задеть. Критика приветствуется, но будьте конструктивны и корректны. Вниманию номинаторов статей Для номинации статьи в Избранные добавьте в её конец (перед категориями) строку {{subst:КИС}}; Будьте внимательны к критике, прислушивайтесь к аргументам и старайтесь доработать статью в процессе обсуждения; Несмотря на стресс, постарайтесь избегать нападок на обсуждающих: за многократное нарушение ВП:ЭП в обсуждении оно может быть закрыто, а статья отправлена на доработку; Если статья уже являлась кандидатом, но была отправлена на доработку по любой причине, нужно предоставить ссылку на предыдущее обсуждение. Процедура обсуждения Если вы считаете, что статья достойна статуса избранной, нажмите надпись править справа от заголовка «За», проставьте под заголовком (или под оценкой предыдущего участника) нумерованный шаблон {{За}}, поясните причины вашего решения, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{За}}. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. ~~~~   → 1. За. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. Пьер Безухов 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы считаете, что статья не достойна статуса избранной, нажмите надпись править справа от заголовка «Комментарии», укажите конкретные недочёты статьи, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. #. Тема раскрыта не полностью, не рассказано о роли шушпанчиков в современном искусстве. Статья нуждается в доработке. ~~~~   → 1. Тема раскрыта не полностью, не рассказано о роли шушпанчиков в современном искусстве. Статья нуждается в доработке. Наташа Ростова 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы хотите прокомментировать статью или ход её обсуждения, нажмите надпись править справа от заголовка «Комментарии», проставьте под заголовком (или под комментарием предыдущего участника) нумерованный шаблон {{Комментарий}}, введите текст вашего комментария, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{Комментарий}} Хочу заметить, что... ~~~~   → 1. Комментарий: Хочу заметить, что... Поручик Ржевский 23:59, 31 декабря 2011 (UTC)

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Гликолиз

Статья о важнейшем метаболическом пути, написана мной. Перед выставлением КИС статья прошла рецензирование, выявленные в ходе него недостатки устранены. Отдельное спасибо участнику Kaidor за русификацию изображений. С уважением, --Eruvanda (обс) 12:32, 1 сентября 2014 (UTC)

Поддерживаю

• За. По-моему, критериям избранности отвечает. Картинки на русском — большой плюс. Что ещё можно улучшить, перечислил в комментариях. Illustr (обс) 12:38, 15 сентября 2014 (UTC)
• Статья соответствует заявленному статусу. Тема раскрыта, ссылки на ВП:АИ есть во всех нетривиальных участках текста --Sirozha.ru 05:23, 30 октября 2014 (UTC)

Возражаю

• Против. С таким описанием термодинамики статье совершенно нечего делать среди избранных. Конкретные замечания внизу (я пока только до регуляции добрался, ещё буду добавлять), а термодинамику надо серьёзно переписывать по серьёзным источникам. starless 20:25, 4 ноября 2014 (UTC)
• Против. Видно, что автор проделал большую работу, но статья очевидно сыровата и перегружена англицизмами и не слишком хорошо и однозначно понятными пассажами. Да и иллюстрации оставляют желать лучшего. Тем не менее, предлагаю не рубить с плеча, а выдать статье куратора и отправить на доработку.--Эрг 21:13, 3 марта 2015 (UTC)
• Против. Считаю, что статусу ИС не соответствует. Высказанные мной более 5 мес. назад замечания (проработанность текста и чего не хватает) не устранялись. Никто давно статьёй не занимается. Есть ли смысл и дальше держать её в КИС? --Shell 22:48, 29 марта 2015 (UTC)

Комментарии

• По-моему, не хватает раздела с обзорным описанием роли нарушений гликолиза в сахарном диабете и других болезнях, тем более что сейчас размер статьи — 105 КБ из максимальных 250. --Синкретик/связь/вклад 12:16, 3 сентября 2014 (UTC)
• И еще одного — о значении гликолиза в медицинских анализах и диагностике. --Синкретик/связь/вклад 12:19, 3 сентября 2014 (UTC)
  • Сделано, всё это собрано в разделе «Медицинское значение». --Eruvanda (обс) 19:43, 4 сентября 2014 (UTC)
• Во многих источниках (БСЭ, Краткая химическая энциклопедия, учебник Полянского по общей биологии для 9-10 классов 1987 г. издания) гликолиз заканчивается образованием молочной кислоты. Поэтому картинку превращения пирувата в лактат, наверное, нужно поместить в конец раздела «Механизмы» и, возможно, добавить краткое описание. В разделе «История», наверное, нужно упомянуть об исследованиях Иванова Леонида Александровича (1871—1962) 1905 года (см.[1] раздел «Физиология и биохимия микроорганизмов»). Желательно русифицировать в тексте статьи ATP, ADP: опять-таки, например, в указанном учебнике Полянского они русифицированы (АТФ, АДФ).Illustr (обс) 12:38, 15 сентября 2014 (UTC)
  • учебник Полянского по общей биологии для 9-10 классов 1987 г. издания никоим образом не может служить АИ для современной статьи по Биохимии. Как и БСЭ и подобные источники, значительно устаревшие. В современных статьях по биохимии на русском языке приняты латинские аббревиатуры для обозначения нуклеотидов, этот вопрос обсуждался на рецензировании. Насчёт лактата — его образование не характерно для любого гликолиза, а лишь для анаэробного гликолиза, и об этом в статье говорится. Кроме того, лактат всё равно образуется из пирувата, а не из ФЕПа. Поэтому я считаю, что вносить эту реакцию в раздел «Механизм» излишне: может показаться, что любой гликолиз заканчивается лактатом. --Eruvanda (обс) 14:27, 21 сентября 2014 (UTC)
    • Кто-то сказал, что весь научный мир разговаривает на ломаном английском, но как насчёт современных русскоязычных энциклопедических источников, всё ли там так однозначно? А относительно года издания я достаточно консервативен, чтобы учитывать книги 20 века. Насчёт лактата, возможно, Вы правы, но опять-таки я не знаю, как обстоит дело в современных энциклопедических источниках. И всё-таки, как Вы считаете, нужно ли упоминать об исследованиях Иванова в разделе «История»? Illustr (обс) 13:25, 25 сентября 2014 (UTC)
    • Я сходил в библиотеку и заглянул в статью о гликолизе в 7 томе БРЭ (2007 год издания). Так вот там русифицированы не только АТФ и АДФ, но и АМФ, НАД, НАДH, ацетил-KoA и даже Ф_Н (неорганический фосфат). Что касается лактата, то там в общей схеме он указан как продукт 11-й стадии, а в тексте сказано, что «дальнейшая судьба образовавшегося пирувата и НАДH определяется особенностями метаболизма конкретных типов клеток и их обеспеченностью кислородом» и далее — пояснения, в каком случае как протекает дальше. Так что я думаю, если лактат с некоторой натяжкой можно оставить, как есть, то русификация указанных соединений необходима на основании указанного энциклопедического источника и указанных ранее источников, на мой взгляд, не совсем обоснованно записанных в устаревшие. И по-прежнему думаю, что нужно упомянуть исследования Иванова.Illustr (обс) 15:00, 26 сентября 2014 (UTC)
      • Вот правила для авторов в журнале Биохимия: [2], где они просят названия нуклеотидов писать латиницей. Я считаю, что журнал Биохимия в вопросе гликолизе авторитетнее БРЭ. Про лактат добавлю чуть-чуть. --Eruvanda (обс) 19:04, 28 сентября 2014 (UTC)
        • Журнал Биохимия может руководствоваться какими угодно правилами оформления статей. Естественно, эти правила никоим образом не делают его авторитетнее БРЭ в вопросе русификации аббревиатур. Зато дают очередной повод не посылать туда статьи. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• А ничего, что статья даже толком не вычитана? Всё-таки кандидат даже не в хорошие, а в избранные… --Shell 23:50, 17 сентября 2014 (UTC)
  • А ничего, что статья почти месяц пробыла на рецензировании и замечания, высказанные Вами и другими участниками, устранены? Статья была выставлена КИС через неделю после последней реплики. --Eruvanda (обс) 14:27, 21 сентября 2014 (UTC)
    • Но разве участники, проучаствовавшие в рецензировании были обязаны сделать из статьи КИС? Я на рецензии высказал своё мнение, что в текущем состоянии её лучше в КХС, а не КИС. Избранная статья должна быть почти безупречна во многих отношениях (это не только раскрытие темы и обилие сносок, но и хорошо продуманные, грамотно составленные, согласованные предложения, без просторечных выражений, без ляпов, смысловых ошибок и опечаток типа «Фосфофоглицераткиназа», «фосфат HOPO^3-», «АФ», …). Ну неужели возьмётесь спорить, с тем, что текст толком не вычитан и плохо продуман? Плюс к этому, ИМХО, к этой конкретно статье требования должны быть особо жестки, так как гликолиз особо значим, в том числе, по понятным причинам, статья о гликолизе будет иметь более высокую посещаемость, чем статьи о менее популярных метаболических путях. --Shell 17:41, 22 сентября 2014 (UTC)
      • Я не согласна с тем, что текст плохо продуман: план подачи материала взят с учебника Ленинджера. Стиль, опечатки и всё такое будем вычитывать. Есть ли у Вас ещё конкретные замечания (кроме тех, что указаны ниже)? Пожалуйста, напишите их, чтобы я смогла их исправить. С уважением, --Eruvanda (обс) 19:04, 28 сентября 2014 (UTC)
• По поводу глубины и комплексности раскрытия — тоже ряд замечаний можно высказать (учитывая, что требования к КИС должны быть более жёсткими, чем к КХС). Я вот, к примеру, не вижу чтобы где-то в статье упоминалась фосфотрансферазная система бактерий. Экзогенную глюкозу фосфорилирует она, причём именно она у растущей на глюкозе эшерихии «жрёт» львиную долю фосфоенолпирувата. --Shell 17:41, 22 сентября 2014 (UTC)

  Вы не подскажете подробней, где именно и что вы предполагаете написать по этому поводу? Что у бактерий эта система есть, в статье упомянуто. Как говорится, "предлагаешь - выполняй".--Victoria 10:06, 27 октября 2014 (UTC)

• Подскажите, пожалуйста, в каком именно месте в статье есть упоминание о фосфотрансферазной системе (PTS system (картинка: )) бактерий? --Shell 14:48, 27 октября 2014 (UTC)

• «Гликолиз стал первым тщательно описанным метаболическим путём», поэтому, учитывая исключительную историческую значимость для определённых областей науки, хотелось бы для избранной статьи более развитого раздела «История изучения», со сносками на важные пионерские работы. --Shell 23:50, 17 сентября 2014 (UTC)
• я бы рекомендовал информацию из отдельных таблиц «Фермент-Кофактор-Изменение свободной энергии» либо перенести в текст подраздела, либо в отдельную таблицу. --Sirozha.ru 05:28, 30 октября 2014 (UTC)

starless

• При формальной корректности этимологии хотелось бы отметить, что смысл названия — расщепление глюкозы. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Реакция в преамбуле записана очень странно: сочетаются текстовые обозначения, русские и английские аббревиатуры. Сочетание «2 пируват» противоречит нормам языка и записи схем реакций. Следует пересмотреть такую форму записи в пользу чего-то более удобоваримого. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Кислород возникает в преамбуле из ниоткуда: непонятно, почему его участие может быть или не быть важно. Нужно как-то его ввести. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• В «Общем обзоре» с порога возникают «шестиуглеродный сахар» и какие-то другие «трёхуглеродные» молекулы. При этом важность указания числа атомов углерода не обсуждается. Следует объяснить, зачем указывается число атомов углерода, и исправить в соответствии с правилами стилистики русского языка («сахар с шестью атомами углерода» и т. д.) либо убрать. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• В конце общего обзора повторяется суммарное уравнение, которое уже было в преамбуле. Из одного из этих мест следует его убрать. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Нет единства в обозначении молекул в тексте (английскими сокращениями) и на картинках (русскими). Желательно переоформить везде русскими; абсолютно в любом случае должно быть единобразие. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)

• Вопрос про русификацию этих сокращений за последнее время поднимался разными участниками в разных местах. Много разрозненных обсуждений одного и того же вопроса. Лучше бы где-то в одном, наиболее подходящем, месте это основательно обсудить. --Shell 14:18, 31 октября 2014 (UTC)

• ВП:ВУ. starless 14:30, 31 октября 2014 (UTC)

• Было бы полезно привести на общей схеме нумерацию атомов глюкозы: она используется в тексте, но за ней надо идти в другую статью. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Есть ли источники на названия этапов? starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• На картинке и по тексту бифосфат надо исправить на дифосфат: с пирофосфатами не спутаем, а вот бифосфаты — это совсем другое (кое-где сделал). starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• «…как будет подробнее показано в дальнейшем» — не очень уместно. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Расходование АТФ никоим образом не связано с изменением свободной энергии. Антихимический пассаж про «увеличение свободной энергии промежуточных соединений» следует привести в соответствие с реальностью либо удалить, а то смеяться будут. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Разговор об энергетической выгоде возникает из ниоткуда. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• «Химические перестройки» — инновационный термин. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Что такое «высокий потенциал переноса фосфата»? starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• «…субстратного фосфорилирования…» — где субстрат? starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)

• Такое понятие есть, это тоже не «жаргон». --Shell 14:18, 31 октября 2014 (UTC)

• Коллега, я не спорю с тем, что такое понятие есть, если вы не заметили. Я спрашиваю, где субстрат. И бывает ли фосфорилирование не субстрата. Понятие употреблено, а смысл его не объяснён. starless 14:28, 31 октября 2014 (UTC)

• «Значение фосфорилирования…» — странный заголовок. Мне кажется, можно его просто убрать, это не нужно в качестве отдельного раздела. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• «По-видимому, фосфатные группы…» — следует избегать гипотез и ограничиться лишь надёжно установленными фактами. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Что такое «метаболическая энергия»? Это какой-то новый вид энергии? «Хранение энергии» тоже интересно звучит. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Этап 1: молекула глюкозы не может расщепляться на триозофосфаты, в глюкозе нет фосфора. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Снова куча мелких табличек с ΔG в отдельных стадиях. Если так уж хочется указывать это в стадиях, можно указать непосредственно на схемах реакций. В табличной форме это должно быть представлено где-то в одном месте. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Снова «подробнее см. ниже». Следует отказаться от этого и сделать гиперссылки, если так необходимо перемещаться по разным местам статьи. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• Комплекс Mg-АТФ является не субстратом фермента, а кофактором. Субстратом является гексоза. Кстати, утверждение, что кофактором является именно комплекс, а не магний и АТФ по отдельности, крайне нетривиально и должно быть уснащено ссылкой, желательно более чем одной. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)

• Скорее всего, Mg²⁺ назвать кофактором было бы наиболее верно, ну а ATP — вполне себе субстрат (косубстрат). --Shell 14:18, 31 октября 2014 (UTC)

• АТФ — ни в коем случае не субстрат, АТФ, разумеется, кофактор. Субстрат — то, что подвергается фосфорилированию. Изучайте энзимологическую терминологию. starless 14:28, 31 октября 2014 (UTC)

• Про гексокиназу IV почему-то сделано специальное упоминание в крайне неопределённых выражениях. Следует сделать это упоминание более определённым и обоснованным или удалить. starless 19:24, 30 октября 2014 (UTC)
• "...как и можно было предположить из её небольшого ΔG′о" -- нельзя такого предположить. Снова антитермодинамика. starless 21:22, 31 октября 2014 (UTC)
• "перестройка карбонильной и гидроксильной групп при С-1 и С-2 необходима для следующих двух стадий" -- не по-русски и не химия. Следует нормально описать, что именно необходимо и что происходит -- хотя бы потому, что карбонильной группы ни в одном из соединений на стадии 2 не наблюдается. starless 21:37, 31 октября 2014 (UTC)
• Схема реакции в стадии 3 (не нарисованная, а записанная) записана не по правилам. starless 21:37, 31 октября 2014 (UTC)
• «фруктозо-2,6-дифосфат является потенциальным аллостерическим регулятором фосфофруктокиназы 1» — пруфы есть? Если нет, спекуляции лучше убрать. starless 21:37, 31 октября 2014 (UTC)
• «фруктозо-1,6-дифосфатальдолаза, или просто альдолаза»: альдолаза — более общее понятие. «…относящаяся к классу альдолаз», вероятно. starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• Пожалуйста, не пытайтесь вставлять в статью термодинамику, если не разбираетесь в ней. Как только начинается разговор о термодинамике, сразу начинается какая-то антихимия. Новый перл: «при низких концентрациях реагентов, имеющихся в клетке, реальное изменение свободной энергии мало и альдолазная реакция обратима». Не надо так писать. Пожалуйста, приносите оригинальные источники на эти фразы и советуйтесь со знающими людьми, если не разбираетесь в теме. starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• На подписи на картинке в стадии 4 бифосфат вместо дифосфата, картинку надо переделать. На подписи на картинке в стадиях 4 и 5 дигидроксиацетонфосфат назван диоксиацетонфосфатом. starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• «Механизм этой реакции схож с механизмом реакции, катализируемой фосфогексозоизомеразой на стадии 2» — на стадии 2 механизм не нарисован, но на стадии 2, очевидно, реакция происходит с раскрытием цикла, а на стадии 5 соединения ациклические. И где же схожесть? В одной из нескольких стадий? А с чего вдруг схожесть одной стадии объявляется схожестью механизмов? Лучше бы нашли источник, где есть все эти механизмы, и дали на него ссылку, или нарисовали механизм хотя бы в отдельных статьях о ферментах. starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• Пассаж про химическую отличимость атомов я удалил, он совершенно избыточен и терминологически нестрог. starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• Вместо устаревшего нестрогого понятия химическая энергия следует использовать современную научную терминологию. starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• «часть химической энергии молекулы глюкозы запасается в виде ATP за счёт … образования NADH» — несообразно. starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• «В конечном счёте каждая из них переводится в пируват, при этом образуется 4 молекулы АТФ» — в расчёте на каждую молекулу глицеральдегид-3-фосфата? starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• «Альдегидная группа глицеральдегид-3-фосфата окисляется, но не до свободной карбоксильной группы, а до ангидрида карбоновой кислоты с фосфорной кислотой» -- косноязычие; окисление и фосфорилирование в данном случае, если верить описанию механизма, происходят отдельно друг от друга. starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• Описание механизма действия глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы вообще какое-то левое. Указано на ковалентную связь альдегида с цистеином — но если есть ковалентная связь с серой, это уже не альдегид. «…забирает протон от С-1, в результате чего там образуется кетогруппа» — базарный стиль; откуда там взяться кетогруппе, совершенно неясно, ведь по-прежнему должна быть связь C-S — или не C-S всё-таки? «К первому же атому на место связи с атомом серы» — без комментариев. «…протон с фосфата высвобождается во внешнюю среду» — ненаучный стиль. starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• Замечание про остановку гликолиза на стадии 6 — оно к чему? Это единственное место, где процесс гликолиза может остановиться? starless 21:29, 2 ноября 2014 (UTC)
• Обозначение связи с высокоэнергетическим фосфатом тильдой не общепринято и не объяснено. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• «Как и все ферменты, он катализирует оба направления реакции» — ложное обобщение. Подавляющее большинство ферментов катализирует только одно направление реакции. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• «…при второй, строго экзергонической[en], реакции»: что значит «строго»? реакция не может быть строгой или нестрогой. В русской терминологии, насколько мне известно, нет понятий «эндергонический» и «экзергонический», а есть понятия «энергетически выгодный» и «энергетически невыгодный». Следует исправить везде. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• «составляемый ими процесс обеспечивает запасание энергии» — не по-русски. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• О, наконец-то в стадии 7 объяснено понятие субстратного фосфорилирования, которое уже три или четыре раза упоминалось до этого. Правила хорошего тона требуют, чтобы любой термин объяснялся при первом упоминании. В википедии это можно сделать с помощью ссылки на соответствующую статью. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• «АТФ образуется за счёт трансмембранного протонного градиента» — что-то тут явно не так. АТФ обычно образуется за счёт фосфорилирования АДФ. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• «Для этой реакции необходим Mg2+» — он является катализатором, кофактором, реагентом или ещё чем-то? Нужно писать точнее. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• «Таким образом, к концу такого цикла образуется 2-фосфоглицерат, а фермент фосфорилируется» — куда он фосфорилируется, если он и в начале был фосфорилирован? starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• «соединение с более высоким потенциалом для перенесения фосфата», «соединение с относительно низким потенциалом для транспорта фосфата», «соединение с высоким потенциалом для транспорта фосфата» — косноязычные англицизмы. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• «необходимы ионы К⁺ и Mg²⁺ или Mn²⁺» — неоднозначность старшинства и и или. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• «в кето-форму, которая преобладает при pH = 7 (то есть в клеточных условиях)» — кето-форма преобладает не в клеточных условиях и не при рН 7 (это, кстати, не одно и то же), а по правилу Эльтекова. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• Описание термодинамики в стадии 10 снова не сказать, что особо научное. starless 15:28, 3 ноября 2014 (UTC)
• Раздел «Энергетика» был бы уместен в таком виде в школьной контрольной работе, но не в избранной статье википедии. Во-первых, обратите внимание на смысл викифицированного слова и его уместность здесь. Во-вторых, данные об энергетических характеристиках отдельных стадий процесса разбросаны в виде микротабличек по разным стадиям, что уже неоднократно отмечали коллеги здесь и в других местах. В-третьих, указано, что клеточные условия отличаются от нормальных (кстати, лучше называть их стандартными), но не указано, как именно. Утверждение, что в клеточных условиях реакции идут с тем же энергетическим выхлопом, что и в стандартных, требует серьёзных доказательств. В-третьих, картинка какая-то странная, на ней неправильно выровнены столбики для стадий 4 и 5; повторение одних и тех же данных в тексте, в таблицах и на рисунках является дурным тоном, его следует избегать. В-четвёртых, малое изменение энергии Гиббса не обязательно приводит к лёгкости обращения реакции, а большое изменение — к необратимости, это вообще не связанные друг с другом вещи. Следует проконсультироваться с научной литературой и написать нормальный раздел «Термодинамика гликолиза». starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• Что такое «фосфоролитическая реакция»? starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• «Крахмалфосфорилаза» — есть ли такой термин? По логике вещей должна быть «фосфорилаза крахмала» или что-то такое. starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• «Эфирная связь» — необщепринятый термин. starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• Схему реакции, катализируемой фосфоглюкомутазой, надо нарисовать. starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• Файл:Glycogenolysis_-_ru.svg: в нижней строчке две ошибки — пропущен дефис после скобок и лишнее «для». starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• «глюкозо-6-фосфат необходимо сначала превратить в обычный сахар» — что значит «обычный»? starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• В разделе «Дисахариды» снова перед названиями молекул записаны коэффициенты. Так реакции не пишут. starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• Кстати, я тут вспомнил, что при использовании D/L-номенклатуры положено оформлять D и L капителью. starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• «реакция идёт в присутсвии Mg2+» — он является катализатором, кофактором, реагентом или ещё чем-то? starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• В разделе «Фруктоза» два предложения подряд начинаются со слова «далее». Схему неплохо бы русифицировать (хотя она была бы более уместна в статье о фруктолизе). starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• «коферментоподобный переносчик гексоз» — в чём выражается подобие, требующее создания столь монструозной языковой конструкции? starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• «функция заключается в обеспечении глюкозы для перенесения к другим тканям» — не по-русски. starless 20:24, 4 ноября 2014 (UTC)
• Картинка с пространственной структурой гексокиназы не выполняет иллюстративной функции и должна быть переделана так, чтобы был виден активный центр и способ связывания лиганда. starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)
• «…её полунасыщение наступает при 0,1 мМ глюкозы» — какое ещё полунасыщение? IC50? EC50? что-то ещё? Ссылка на Насыщение (химия) ничего не проясняет, а только ещё больше запутывает. starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)
• «внутри клетки поддерживается концентрация глюкозы, достаточная для насыщения гексокиназы II» — из концентрации глюкозы в крови не следует концентрация глюкозы в клетке. starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)
• «фермент работает в полную силу» — неэнциклопедично и не очевидно из предшествующего текста. starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)
• «Мышечные гексокиназы I и II аллостерически ингибируются их продуктом, глюкозо-6-фосфатом, так что при повышении внутриклеточной концентрации глюкозо-6-фосфата выше нормального уровня происходит временное обратимое подавление активности этих ферментов» — на мой взгляд, это тавтология. starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)
• «…печень поддерживает концентрацию глюкозы в крови, потребляя глюкозу или образуя её…» — печень не образует глюкозу. Синтез глюкозы происходит в печени или как-то так. starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)
• «Быстрое выравнивание концентраций глюкозы в цитозоле гепатоцитов и крови обеспечивает наличие в мембранах гепатоцитов белков-транспортёров глюкозы — GLUT2» — наличие транспортёров является следствием быстрого выравнивания? Да ладно. starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)
• «…ослабляет подавление его активности» — так ли? starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)
• «…глюкоза входит в гепатоциты с помощью GLUT2…» — стиль. starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)
• «При повышении концентрации глюкозы в цитозоле она выравнивается с концентрацией глюкозы в ядре» — глюкоза выравнивается с концентрацией. starless 18:37, 24 ноября 2014 (UTC)

Victoria

• Что значит:

Фосфатные группы АДФ, АТФ и промежуточных продуктов гликолиза образуют комплексы с ионами Mg2+. Места связывания субстрата многих ферментов специфичны к этим комплексам?--Victoria 08:11, 5 ноября 2014 (UTC)

• То и значит. Фраза конечно корявая, но по-сути правильная. В организме всё АТФ и АДФ присутствует в комплексе с ионами магния.--Эрг 18:34, 2 марта 2015 (UTC)

Эрг

• Ну про русификацию уже говорили много, но скажу ещё:

Совершенно не приемлемо давать ферментам английские сокращения - (фосфофрутокиназа-1; PFK-1). Тем более неприемлемо создание англо русских химер вроде фруктозобифосфатазой-1 (FBPаза-1). FBPаза-1. Нужно либо писать название фермента полностью, либо подобрать соответствующие сокращения на русском.--Эрг 21:15, 3 марта 2015 (UTC)

• • Ферментам, обозначаемым как «PFK1» и «FBP1» (да, видимо без дефисов и всяких «аз»), вероятно соответствуют некие кодирующие гены с символами «PFK1» и «FBP1» соответственно. Соответственно, ен-сокращения могут быть использованы в поисковых запросах в БД или ещё где-то. Полезность ру-сокращений, так сказать, "менее выражена". --Shell 01:29, 4 марта 2015 (UTC)
    • Кодирующие гены этих ферментов называются совсем не так, а это — самые обычные сокращения по трём английским буквам, пример: Phosphofructokinase 2 (PFK2). То есть это ещё одна бездумная калька с англовики и некому и в голову не придёт их набивать в строку поиска. Да и потом, даже если бы это были имена генов, то называть такие широко известные белки по именам генов - это только вводить читателя в заблуждение. По именам генов обычно называют белки, функция которых неизвестна. Да и потом, есть просто традиция применения терминологии в учебниках, книгах по медицине и биологии, которые в этом вопросе являются авторитетными источниками, так что хотелось бы что бы статья этим стандартам соответствовала.--Эрг 20:51, 4 марта 2015 (UTC)
      • Вы неправы. Если нет общепринятых русских сокращений названий ферментов, используются английские. При этом в обязательном порядке приводится английская расшифровка. Русской версии названия может вообще не быть, как у рецепторов Frizzled, например. starless 21:58, 4 марта 2015 (UTC)
      • Ну, может кто-то, кто не слишком в теме, и не додумается что-либо набивать в строку поиска, скажем, на сайте [3]... Но ру-сокращения на таких ресурсах бесполезны. Да и не всегда они вообще есть, как заметил starless. --Shell 00:08, 5 марта 2015 (UTC)
• При указании положения группы в молекуле, атом углерода нужно обозначать как С₆, с подстрочным текстом, а не(C-6).--Эрг 21:15, 3 марта 2015 (UTC)
  • Нет. Нижний правый индекс показывает число атомов, а не номер атома. Номер не выносится в индекс, дефис (обычно) не используется, примеры: «гидроксильной группе при шестом атоме углерода (C6)», но «C₆-фрагмент», «Зачастую к флавоноидам относят и другие соединения C₆—C₃—C₆-ряда». --Shell 01:29, 4 марта 2015 (UTC)
    • На самом деле так пишут (могу привести источники). И не только так. Но суть в том что дефис хорошо бы убрать, так как так точно не пишут.Эрг 20:51, 4 марта 2015 (UTC)
      • Знаю, что русские авторы пишут и так, и не так. Интересно порой пишут, по-всякому. Вряд ли русскоязычные источники могут быть адекватным ориентиром в этом вопросе, а вот J Am Chem Soc. и другие — могут (там так, как я указал). Смотри, например, DOI: 10.1021/ja035796r --Shell 23:31, 4 марта 2015 (UTC)
• Сильно смущает качество иллюстрацией. В англовики есть замечательные таблицы, которые легко можно перенести и русифицировать, так было-бы понятней и нагляднее.--Эрг 21:15, 3 марта 2015 (UTC)

К итогу

• Замечания по поводу русификации АТФ и прочая возникают регулярно, и выдвигаются разными участниками, то есть намечается консенсус за русификацию. Имеем также третичный источник, современную энциклопедию, которая использует аббревиатуры кириллицей, с другой стороны, инструкцию для специализированного научного источника, которая требует обратного. Википедия — энциклопедия, то есть ближе к БРЭ, чем к изданию для профессионалов. Учитывая, что наши статьи используются школьниками и студентами, аббревиатуры в «одной из лучших статей Википедии» лучше русифицировать.
  • тем не менее, в научной и научно-популярной литературе (а это десятки книг, изданные в "Науке" и прочих авторитетных издательствах, с редакторами-учеными) значительно преобладает АТР. В школьных учебниках и методичках для пединститутов обычно АТФ.--Sirozha.ru 05:28, 30 октября 2014 (UTC)
  • Может и так, но такое чаще всего встречается на картинках, которые в силу их структуры нельзя русифицирвать. В самих текстах Я такого никогда не встречал. Нигде. Во всех учебниках для вузов, которые издаются в издательствах "ACADEMIA" или "Дрофа" все названия кофакторов и ферментов русифицированы, поскольку существует устоявшаяся научная терминология. Уважать надо великий и могучий!--Эрг 18:32, 2 марта 2015 (UTC)
    • Картинки можно и нужно русифицировать. starless 21:55, 4 марта 2015 (UTC)
  • Я тоже против русификации этих сокращений. Во многих хороших книгах, переведённых на русский язык, такие сокращения намеренно остаются нерусифицированными, и делается это отнюдь не из неуважения к «великому и могучему». --Shell 22:17, 2 марта 2015 (UTC)
  • Но викепедия - свободная энциклопедия и пишется для обычных людей, которые не всегда хорошо владеют английским, могли не читать хороших книг и скорее всего не разбираются в тонкостях терминологии. Давайте всё-таки учитывать интересы читателей.--Эрг 20:51, 3 марта 2015 (UTC)
    • Вот у меня один из вопросов. Все ли подобные сокращения (и во всех ли вики-статьях?) по-вашему следует русифицировать и, если нет, то где будет предел? Допустим, АТФ, НАД и ещё что-то знакомо школьникам. Русифицировав это, русифицируем дальше: ГТФ, УТФ, дЦТФ, цАМФ, ОМФ и т. д. Далее, назвав русскими буквами нуклеотиды, русскими же буквами будем писать последовательности? АГУЦ вместо AGUC? Это уже точно будет иррационально! Даже недопустимо, хотя бы потому, что записи типа m⁷GpppNp уж точно не стоит русифицировать. Где будет предел? Вот взгляните на некогда начатую мной статью Пуриновый обмен. Там, помимо ATP, GMP, IMP и XMP, можно видеть принятые и хорошо известные (в узких кругах) сокращения других риботидов (промежуточные соединения процесса биосинтеза). Все ли из них Вы бы русифицировали? --Shell 23:14, 3 марта 2015 (UTC)
      • Самые известные сокращения положено русифицировать — те, которые в русском общеприняты и общепонятны. Сокращённые названия белков не русифицируют, но при этом принято давать английский оригинал названия, чтобы белок можно было найти и было понятно происхождение сокращения. starless 12:07, 4 марта 2015 (UTC)
        • (В этой ветке не о белках.) Где будет предел абсурда? ATP русифицируем, таак. GTP, UDP, CMP русифицируем? А OMP, IMP, XMP? NCAIR, SAICAR, FAICAR русифицируем? А последовательности русифицируем? Раз уж G и C обозвали Г и Ц?! (Если скажете, что это всё русифицируется (а для школьников по какой-то старинной традиции такое всё действительно остаётся русифицировано), то у меня будет ещё немало и немало заковыристых вопросов). --Shell 18:55, 4 марта 2015 (UTC)
          • Однобуквенные обозначения русифицировать точно не надо. АТФ, ГТФ и НАД точно надо. Многобуквенную экзотику — не надо (замечу, что NCAIR даже не гуглится). Насчёт остального надо смотреть по распространённости в русских текстах. Да, меня абсолютно не коробит смесь русских и английских аббревиатур, если и те, и другие адекватны своей узнаваемости. Однозначно неприемлемо использование английских сокращений без указания английской расшифровки (то есть нужно: русское название (английское название, английское сокращение) либо английское сокращение (английское название, опционально русский перевод)). starless 19:37, 4 марта 2015 (UTC)
            • Знать гуглите неловко, раз у вас не гуглится.))) У меня гуглится ещё и не такое... Далеко не такое))) Кстати, до экзотики там ещё как до луны. Может быть русский эквивалент «NCAIR» более актуален, а может это я ещё и какой-то «NCAIR» выдумал, лол? Но да лан. Не правила формирования запросов и не поисковые системы с БД, и не чью-то компетентность мы здесь обсуждать взялись. А я скажу, что НЕТ, не нужно выборочно русифицировать отдельные элементы из складной системы, ориентируясь на некую известность/узнаваемость. И дело не в химерах (типа НАДH) — это отдельный вопрос эстетического плана. Чёткого ответа на свой вопрос "о пределе" я не получил. Продолжаю абсолютно искренне не понимать что, по мнению сторонников этой идеи, подлежит русификации, а что не подлежит. --Shell 21:09, 4 марта 2015 (UTC)
              • не знаю, что такое ваш NCAIR, но на первых трёх или четырёх страницах моего гугла ни одного результата по биохимии, что явно свидетельствует в пользу малоизвестности аббревиатуры Ну составьте список сокращений из статьи для начала, посмотрим (и да, кадавры типа НАДH я считаю недопустимыми). То, что английские сокращения без английской расшифровки использовать нельзя, вы понимаете? И там нет никакой «складной системы», есть терминология, которая используется в русской литературе. И эта терминология подлежит русификации. starless 21:55, 4 марта 2015 (UTC)
                • Вместо «NCAIR» — «NCAIR ribotide» или «NCAIR ribonucleotide» — всякие «National Centre» и прочий левак пропадут из первых позиций, и останется только биохимия. Что-то я как-то не понял вашей позиции насчёт русификации NADH. Вы разве не за «НАДH»? --Shell 22:48, 4 марта 2015 (UTC)
                  • Я скорее за НАД-H. Смесь алфавитов мне не нравится. Но в русских источниках, кажется, беспробудно смешивают. starless 09:58, 5 марта 2015 (UTC)
                    • Это уже кадавр + костыль к нему))) Вот, нагуглил ещё вариант: НАД(H), что также не валидно, так как в некоторых источниках можно увидеть и такое: НАД(Ф)H. В современных ен-источниках распространено 2 варианта: NADH и NAD_red. Не знаю, допустим ли перевод _red как _восст. --Shell 18:44, 5 марта 2015 (UTC)
                      • о, _восст — это вообще то, что надо. starless 18:58, 5 марта 2015 (UTC)
                        • Вот сейчас, листая книжки, наткнулся на ещё один способ написания: H₂-НАД. Вариант с _восст мне больше нравится, чем смесь алфавитов. Только вот с распространённостью проблема — такой вариант если и встречается где-то в каких-то русскоязычных изданиях, то однозначно редко (гораздо реже, чем те же ен-сокращения). --Shell 23:26, 5 марта 2015 (UTC)
                • Русские сокращения тоже нельзя использовать, нигде их не расшифровывая при этом. Так что преимущества ру-сокращений и по этому доводу, видимо, также отсутствуют. --Shell 05:27, 5 марта 2015 (UTC)
                  • Некоторые русские сокращения можно викифицировать при первом использовании: АТФ. С ATP такого сделать, разумеется, нельзя. starless 09:58, 5 марта 2015 (UTC)
                    • Возможно, спорт и более популярен у народа и википедистов, чем биохимия. Но мне, например, на теннис фиолетово. Надо бы неоднозначность сделать вместо перенаправления. --Shell 18:44, 5 марта 2015 (UTC)
                      • Поскольку ATP не является общепринятым в русской литературе сокращением для АТФ, такая неоднозначность вместо перенаправления не будет соответствовать правилам. starless 18:58, 5 марта 2015 (UTC)
                        • АТФ тоже не является общепринятым в русской литературе сокращением для ATP. Как уже упоминалось, английские сокращения приняты в журналах «Биохимия» и «Успехи биологической химии», что уже достаточно для обоснования моего контраргумента. Более того, английские сокращения используются в хороших книгах — переводах зарубежных изданий (З. Гауптман, Ю. Грефе, Х. Ремене, «Органическая химия», М. издательство «Химия», 1979 г.; А. Ленинджер, «Основы биохимии» в 3 томах, М. издательство «Мир», 1985 г.; и др.). Хочу отметить (сейчас вот при просмотре книг заметил), что в более ранних изданиях-переводах (1970 г. и раньше, тех же издательств «Химия», «Мир») сокращения нуклеотидов русифицированы (в том числе, кстати, давно устаревшие названия и сокращения: ДПН (когидраза I), ТПН (когидраза II)). --Shell 23:26, 5 марта 2015 (UTC)
                          • Я повторю ещё раз, если сразу не понятно: с какой стати энциклопедия должна руководствоваться правилами для авторов русскоязычных журналов? Журналы могут хоть еврейское письмо использовать, если захотят. Если вы хотите продавить своё мнение по поводу использования необщепринятых сокращений — это следует делать не здесь, а на форуме правил. Пока же надо руководствоваться действующими правилами, которые диктуют нам использование наиболее узнаваемой русским читателем терминологии, то есть русской терминологии. starless 10:59, 6 марта 2015 (UTC)
                            • Какой «наиболее узнаваемой»? А кто мне утверждал в другом обсуждении, что мнение малокомпетентных людей не столь важно и лучше использовать в статьях профи скелетные формулы соединений, чем варианты, «более узнаваемые» неким усреднённым читателем со сферическим средним образованием (с чем я согласился)? Хотел бы я посмотреть на человека, желающего и способного что-то понять, скажем, в гликолизе, но при этом затрудняющегося проследовать по ссылке и понять, что же такое ATP или NAD⁺. Нет, уважаемый. Мне с моей стороны монитора видится, что это Вы «хотите продавить своё мнение по поводу использования необщепринятых сокращений». Ваше фальсифицируемое утверждение, что эти сокращения общеприняты (надеюсь, смысловая нагрузка этого вашего слова «общеприняты» ясна и понятна), я парировал, приведя конкретные АИ (надо подчеркнуть, что это не только журналы, которыми Вы так пренебрегаете). Ну а что, если выпускникам школ со школьных задачек больше нравится знакомо АГУЦ, то будем для них так и писать во всех статьях, чтоб они, бедные, не запутались? Да им вообще плевать! (а кому не плевать, тот и без 100 грамм разберётся), как Вы некогда сами отмечали; а я лично за энциклопедию современную. Надо сказать, что в тех же источниках, где аббревиатуры названий нуклеотидов на русском, русскими же буквами пишут и последовательности, что, мягко сказать, немножечко устарело. --Shell 20:02, 6 марта 2015 (UTC)
                              • Узнаваемость, как и авторитетность, контекстно зависима: скелетные формулы более эстетичны, утверждение о большей узнаваемости каких-то других ничем не подкреплено. При этом узнаваемость АТФ несравнимо больше, чем английской версии того же сокращения. Я ещё раз хочу повторить, что здесь мы этот вопрос не решим и его надо выносить на всеобщее обсуждение; продолжение дискуссии на этой странице лишено практического смысла. starless 20:09, 6 марта 2015 (UTC)
                                • В общем, к итогу. Как видим, вопрос русификации биохимических аббревиатур в Википедии спорный (особенно остро может быть разногласие, если речь идёт о русификации утверждённых IUBMB сокращений нуклеотидов, аминокислот, углеводов, выступающих мономерными звеньями, коферментов — сокращений, которые фигурируют также в формулах, что, по всей видимости, придаёт им статус, аналогичный Me, Ph, TMS и т. п.). Пример применения сокращений (CMP) в формулах. Ну, и такое тоже. Неясен также вопрос глубины русификации (все ли подобные сокращения и во всех ли вики-статьях следует русифицировать) — здесь надо учитывать, что можно легко и плавно перейти от всем хорошо известного АТФ, через чуть менее известный ОМФ, к каким-нибудь NCAIR'ам, а то и похуже. Некрасиво же будет, если в одной статье АМФ будет русифицировано, а вот IMP — уже нет... Несомненно, эти вопросы поднимались и будут подниматься вновь и вновь, пока не будет всё чётко прописано в правилах. Если кто-то возьмётся доводить дело до ума, и где-то вынесет это на обсуждение, то перенесите, плиз, туда это обсуждение, чтобы уже прозвучавшие аргументы не пропали даром. --Shell 22:21, 6 марта 2015 (UTC)
• Займусь вычиткой, что займет некоторое время. Watch this space. Victoria 18:59, 29 октября 2014 (UTC)

Итог

Закрыто по просьбе ОА. Victoria 14:02, 2 июня 2015 (UTC)