Проект:Таксономия/Новый вариант таксонавигации

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Перенесено со страницы Проект:Таксономия/Категории для таксономических шаблонов.

↓ Пожалуйста, добавляйте новые темы снизу

Архивы: 01 02

Доп. материалы

См. /Примеры

Второй этап

Что надо доделывать первую очередь:

1. Документацию шаблонов.
2. Проект:Таксономия/Категории для таксономических шаблонов
3. Проект:Таксономия/Кнопка „править“ для быстрого доступа к таксо-шаблону

Что ещё?--Chan 21:44, 17 июня 2010 (UTC)

Это не в первую очередь -

1. Проект:Таксономия/Категории для таксономических шаблонов
2. Проект:Таксономия/Кнопка „править“ для быстрого доступа к таксо-шаблону

может сменится, дополнится идеология см. Проект:Таксономия/Использование latin vs. parent и rang и с использованием массивов категоризация станет практически не нужна, а быстрый доступ будет совсем к другому ... S.J. 23:23, 17 июня 2010 (UTC)

Переход на массивы

Думаю это следующий логический шаг, сейчас делаю подготовку (подробности тут читать рекомендуется только программистам :), иначе читаем просто дальше ) :

1. сформирую все списки Проанализированы 1623 статьи (все, где есть шаблон {{Таксон}}), сформировано 579 списков.
2. собираем статистику, анализируем текущие дерево на вырожденность (число элементов в списке <10). Сделано

 Вот этот пункт сейчас в процессе !

1. Формируем принципы хранения вырожденных частей в одном массиве. Согласуем с заинтересованной частью сообщества, проводим разъяснительную работу

 Вот этот пункт сейчас в процессе !

1. в тестовом режиме задействуем списки при отражении классификации
2. ботом проставим всюду параметр parent - он изменит смысл и станет обязательным для указания названия списка в формате Список:[parent]
3. Переведем тестовый режим в реальный, отдавая предпочтение работе через список
4. при появлении не согласных введем доп. режим, работу через шаблоны, но с авто добавлением их в списки (надеюсь это не придется делать)
5. Удалим не используемые таксо-шаблоны. S.J. 20:04, 18 июня 2010 (UTC)

Анализ списков

Все сформированные списки находятся в Категория:Шаблоны:Списки для шаблона Таксон S.J. 23:13, 18 июня 2010 (UTC)

Статистика такова N-число таксо-шаблонов в списке, X - число таких списков.

 N - X
 1 - 387
 2 - 83
 3 - 44
 4 - 14
 5 - 7
 6 - 8
 7 - 9
 8 - 3
>9 - 22

как видим подавляющие большинство состоит из 1-3 записей. Это вырожденные списки, которые можно хранить вместе. Есть мнение, что списки можно распределять по основным рангам, а все промежуточные до следующего основного держать в одном списке.

Наверное если сделать это делом бота, как в частности предлагал тут Проект:Таксономия/Использование latin vs. parent и rang#Кэширование путей деревьев Chan, то это вообще будет всем без разницы, и только оптимизирует систему.

Шаблоны отображения классификации можно сделать так, чтобы они вначале просматривали списки, а если чего-то не хватает, то смотрели бы на наличие отдельных таксо-шаблонов. Но в любом случае, если отдельный шаблон, бот уже закинул в список - то править его нужно в списке. С учетом того, что это редко меняется - думаю вполне допустимо.

Вот это один из самых опасных моментов. Для внесения изменений, людям придётся править списки таксономических шаблонов. Это недопустимо. Надо искать решения как упростить создание и модификацию таксошаблонов, а предлагаемые меры ведут по пути усложнения данных, с которыми предстоит работать людям. Нехорошо:((--Chan 07:03, 19 июня 2010 (UTC)

В чем усложнение ? Список разве чем-то сложнее править ? S.J. 07:38, 19 июня 2010 (UTC)

Другой вариант проще - не оптимизировать списки, и править только в них. Это будет легко т.к. они распределены тогда строго по рангам, и разницы не будет или править одиночный таксо-шаблон или в компании с другими одноранговыми. S.J. 23:46, 18 июня 2010 (UTC)

• С другой стороны - нужно иметь введу, что статистика недостаточная, т.к. многие шаблоны были созданы лишь для того, чтобы протянуть до верха частную классификацию ... более полная может быть после этапа бото-заливки. Возможно до того момента и нужно отложить окончательное решение, а пока остановится на варианте с неоптимизированными списками. S.J. 00:00, 19 июня 2010 (UTC)

• Списки по алфавиту Есть еще вариант хранить таксо-шаблоны в списка по алфавиту, с названием из первых двух букв. Тогда имеем 676 (26*26) списков - вот тогда действительно можно избавится от параметра parent, т.к. не нужно будет указатель где хранится информация - она будет получаться вырезанием 2 букв из названия. Нагрузка на каждую статью при 300.000 статей от 300 до 1000 таксо-шаблонов, что вполне приемлемо. Хотя если будет акция даешь миллион видов лучше использовать 3 буквы и соответственно порядка ≈17.000 статей-списков.

• Что касается сокращения числа уровней рекурсии - пока ни один из предложенных 3 вариантов этим не занимается, это только вопросы хранения таксо-шаблонов. Хотя вариант с оптимизированными по рангам спискам (см. выше) наиболее перспективный к тому, чтобы на основе такого хранения решить проблемы ограничения рекурсии (можно тогда между каждыми двумя основными рангами иметь до 10-15 уровней, что более чем достаточно ). S.J. 00:53, 19 июня 2010 (UTC)

Проводим блиц-опрос, т.к. каждый из вариантов имеет преимущества и недостатки - выбирайте что на ваш взгляд приоритетнее и что делаем сейчас: Но прежде читаем вникаем в проблему, опрос специально помещен внутри анализа.

За оптимизированные списки по основным рангам

Если „20+20“ уровней классификации мало, то это наилучший вариант. Среднее число списков таксо-шаблонов.

За не оптимизированные списки

Если пока недостаточно информации для принятия окончательно варианта, то это наипростейший вариант по реализации, и его легче модифицировать потом к другим если потребуется. Зато позволяет начать ботозаливку не закачивая огромное число мелких таксо-шаблонов.

• Я все же склоняюсь к этому варианту. Это будет менее революционно, и постепенно. Потом осуществим массированную ботозаливку, проанализируем и поймем как лучше .. S.J. 01:56, 19 июня 2010 (UTC)

За списки по алфавиту

Если не хотим, чтобы таксо-шаблоны занимали много статей, то это наилучший вариант. Можно избавится от параметра parent, но возможны проблемы с уровнями классификации.

Оставить как есть без списков

Этот вариант надеюсь никто не рассматривает, т.к. при увеличении системы огромно число мелких статей таксо-шаблонов и ни каких перспектив по оптимизации ни уровней, ни числа необходимых параметров.

• Против Однозначно против этих нововведений. Идея созрела в голове единственного автора, не обладающего достаточным знанием предметной области. Ни с кем не обсуждалась предварительно и не анализировалась. Особенности в записи названий таксонов в предлагаемом проекте рассматриваются как ошибки. После последней модернизации шаблона Таксон, он работает вроде бы без ошибок, но убедиться в стабильности можно будет только со временем. Вероятно ещё будут выявлены некоторые проблемы (надеюсь мелкие), которые потребуют внимания. Предлагаемое решение не оптимально с технической точки зрения (я не буду говорить про идеологические вопросы). Актуальность предлагаемых нововведений низкая. --Chan 03:11, 19 июня 2010 (UTC)

М-да, наговорили много, но ничего так и не сказали ... одни обвинения какие-то, и не одного аргумента по существу. S.J. 07:36, 19 июня 2010 (UTC)

Все это более чем актуально, если мы хотим выйти за границу 1000-3000 таксошаблонов. S.J. 08:12, 19 июня 2010 (UTC)

Вот я не понимаю, почему нельзя спокойно было объяснить проблемы, которые вам кажется, что есть. S.J. 08:16, 19 июня 2010 (UTC)

Было бы странно, если бы идеи сразу появлялись у многих :) Тут как раз и обсуждаем. „Особенности“ являются ошибками когда они ранее (в том числе и до меня) были не учтены и они вызывают технические ошибки. Проведенные модификации ни как не влияют на то, что можно думать и делать дальше. Предлагаемое решение более чем оптимальное, актуальность высокая .. S.J. 08:30, 19 июня 2010 (UTC)

Сергей не надо так волноваться. Это только опрос и любой участник имеет право высказать своё мнение. Не исключено, что остальные участники безоговорочно поддержат ваш проект и вы сможете реализовать все свои идеи. Извините, если мои оценки оказались обидными для вас. Однако, моё мнение неизменно. Я против таких изменений. Желаю удачи. --Chan 11:10, 19 июня 2010 (UTC)

Честно говоря Вы меня просто удивили, и этим и вызвано мое „волнение“. Вы мне казались рассудительным и вникающим в проблему, готовым к диалогу, а тут вас как подменили. Да, Вы позволили себе лишнее - перейти на личности, вместо того, чтобы говорить по сути проблемы .. извинения приняты, и надеюсь рецидива не будет. S.J. 11:12, 19 июня 2010 (UTC)

Комментарии

Перенесено со страницы Проект:Таксономия/Ботозаливка таксо-шаблонов на основе данных шаблона Taxobox.

• В связи с расхождением во мнениях Проект:Таксономия/Новый вариант таксонавигации#Анализ списков, можно ботозаливку начать и без хранения в массивах, но тогда мне нужен четкий ответ на вопрос: Что никого не страшит наличие порядка 50.000 - 100.000 таксо-шаблонов из одно строчки ? S.J. 12:30, 19 июня 2010 (UTC)
• Хотя я все же не спокоен, база NCBI содержит порядка 670.000 научных латинских названий таксонов ... поэтому не оптимизируя систему под хранения с объемом на 1 млн. - как то не серьезно осуществлять такие проекты ... S.J. 12:37, 19 июня 2010 (UTC)
• Примирительное предложение: насколько я понимаю, сейчас можно использовать и старые таксо-шаблоны, и списки? Так пусть будет как есть, а списки смогут делать: а) "доверенные" желающие (те, кто умеют); б) время от времени собирать списки ботом. Дело не в том, что списки сложно писать, а в том, что легко напортить - и ненароком создать проблемы во многих статьях --Arachn0 ^обс 18:44, 19 июня 2010 (UTC)
  • Да, такой вариант годится. Сейчас правда списки еще не задействованы, т.к. не ясно какие лучше. Может выскажитесь в опросе ? S.J. 18:55, 19 июня 2010 (UTC)
    • Не считаю себя достаточно компетентным. По-моему, если моё предложение (см. выше) пройдёт, выбор оптимального варианта списков можно оставить вам — то есть специалистам по информатике. Если перенесёте мои соображения в опрос (можете — со своей дополнительной аргументацией, если она есть), полагаю, наиболее резкие возражения со стороны «предметников» (био-систематиков) отпадут. --Arachn0 ^обс 19:27, 19 июня 2010 (UTC)

В списках есть ошибки

• Некоторые из ошибок, которые есть в списка - известны. Иногда в latin или name - подсовывают черт знает что :), например

1. ''x'' (т.е. курсив) - бот это уже умеет игнорировать (но возможно не всюду). В связи с этим вопрос - может не стоит это делать, так как форматируется шаблоном, и может ботом исправить в статьях с шаблоном {{Таксон}} ?
   • Таких „ошибок“ вы ещё встретите очень много. См. Обозначения, используемые в наименованиях таксонов. Давайте все эти обозначения в статьях о таксонах квадратно-гнездовым методом уничтожим, вот авторы будут вам благодарны:)) --Chan 06:14, 19 июня 2010 (UTC)

   Какое это имеет отношение к тому, что подается в параметр latin или name ? S.J. 07:40, 19 июня 2010 (UTC)

   Вот скажите как мне любезный, что Вы собирались делать когда вам в шаблон {{Таксон}} параметр latin подавалось бы | latin = {{btname|Asteraceae|[[Martynov]]}}, <br /> ? <small>или</small> {{btname|Compositae|[[Giseke]]}}'' ?

   Итак, как же мне понимать это заявление. Похоже параметр latin нельзя использовать для вызова шаблонов, т.к. специалисты очень верно учтут особенности наименования и мне дураку придется их выслушивать чего это я понаделал столько ошибок в шаблонах. Пойду отменять сеё поспешное решение (правда не моё) - указывайте теперь всегда parent для вызова шаблона. Так ? S.J. 09:44, 19 июня 2010 (UTC)

   Похоже вы сами забыли, что делали .. чем и отличается шаблоны Таксон и Taxobox.

Таксон
latin — обязательный параметр, международное [я бы добавил одно] латинское название таксона 
(строка без викификации [я бы изменил "без обработки вики-форматированием и шаблонами"]); 
author — обозначение автора(ов) названия и некоторая дополнительная информация;
Taxobox
latin — латинское название таксона вместе с его автором;

явно не пишется, но видимо имелось введу в Таксон latin = „чистое“ название - без всякого, а author - собственно дополнительные ньансы, форматирование же (курсив и прочие) делается внутри шаблона единообразно, а не как заблагорассудится. Это нужно учитывать при ботозамене Taxobox'а, но в рамках Таксон позволю себе мнение Chan тут проигнорировать, как логическое противоречие. S.J. 11:44, 19 июня 2010 (UTC)

1. {{btname, <ref name - тут пока висят ошибки, бот некорректно распознал наличие параметра name. В связи с этим вопрос, как правило на самом деле параметра name нету, но иногда есть. Так вот можно ли его проигнорировать и за название взять название статьи ? Нельзя. Но в таксо-шаблон нужно ввести дополнительный параметр - реальное имя статьи aname (может формироваться ботом) , т.к. name не соответствует ему, а в шаблоне желательно иметь ссылку на статью.
2. Если кто-то еще заметит другие варианты - прошу сообщить

• Пока списки тестовые - их цель выявить разные ошибки, в последствии они будут перезалиты без ошибок. Не нужно специально исправлять ошибки, мне нужны лишь примеры разнотипных ошибок. S.J. 23:12, 18 июня 2010 (UTC)

Списки как выявление ошибок классификации

смотрим например сюда Шаблон:Список:Asteraceae, и не понимаем как Подсемейство и Род могут классифицироваться на одном уровне после Семейства - надо бы определится. Перескоков быть, как я понимаю, не должно. S.J. 00:15, 19 июня 2010 (UTC)

Если вы наивно полагаете, что коли в семействе выделены промежуточные ранги, то все таксоны ранга род должны быть распределены по промежуточным рангам, придётся вас огорчить. В идеале это так, но суровая действительность вносит коррективы. Встречаются случаи когда несколько родов включаются сразу в семейство, а остальные распределяются по подсемействам. При этом, надо учитывать, что процесс классификации идёт постоянно и всё может измениться. Таксоны сливаются и расформировываются, промежуточные ранги вводятся и отменяются. Такова жизнь, и ваша схема похоже не учитывает весь спектр возможных ситуаций. Оговорюсь, скорее всего заполнение шаблонов из семейства Asteraceae проведено не точно, но это не значит, что ваша предпосылка верна, она ошибочна. --Chan 06:34, 19 июня 2010 (UTC)

Вот не надо ! Вначале провидите точную классификацию здесь, а потом будем говорить где и что ошибочно ... (если бы у моей бабушки были бы усы, она была дедушкой) Моей схеме - это до лампочки, это просто способ проверить предметные ошибки, в которых Вы видимо очень хорошо разбираетесь в отличии от других, зато другие постоянно их допускают и так что дискредитирована сама идея точной классификации (вы открестились от шаблона Taxobox, где вообще бардак - ну так наведите порядок хотя бы здесь). S.J. 07:43, 19 июня 2010 (UTC)

Встречаются случаи - примеры с АИ ! Желательно в базе NCBI. (Не найдете, т.к. такие случае однозначно далее определяют как неклассифицированные (unclassified group) не внося бардака в классификацию ) S.J. 08:38, 19 июня 2010 (UTC)

Во-первых, S.J. спасибо вам, что взялись такую сложную проблему решить, но только чтоб хуже не стало. В смысле любой таксошаблон нужет только тогда, когда есть статья, а статьи пишут, как выше сказано "предметники" (участники-биосистематики), которым нововведения не должны затормозить создание новых статей (т.е. быть легко поправляемыми). В старом "добром" таксобоксе действительно бардака хватает, но даже чтобы в нём разобраться новым участникам нужна подготовка, а уж шаблон Таксон (и его клоны) на порядок уменьшит число желающих создавать новые статьи об организмах. Во-вторых, Chan прав про равноуровневые, но разноподчинённые таксоны (я например, написав более тысячи статей про разные таксоны, встречал такое и не так уж и редко), случаев когда рода входят в группу incertae sedis (с неопределённым точнее положением), минуя все подсемейства напрямую в тоже семейство что и они, "увы" бывают (и без АИ поиск в ВиКи дал цифру 116 таких i.s.). Особенно это характерно для ископаемых форм с недостатком сохранившихся признаков. Такое же бывает с видами, не входящими в подрод, а напрямую в род через группу incertae sedis. Думаю в данном случае надо задать параметр, что эта "странная" группа равна по рангу ближайшему вышестоящему промежуточному таксону (подсемейству, например). И, в третьих, вы всё же берете за точку отсчёта NCBI (согласен большую базу, но далеко не полную), даже если она не совпадет со всеми другими АИ (itis, EOL, конкретные статьи в научных журналах)? Я знаю мнение некоторых палеонтологов, которые категорически не согласны с молекулярными перегибами в таксономических выводах их исследований (один московский профессор так и выразился, когда я делился с ним впечатлениями о новой систематике муравьёв, которую я вынужденно вставляю в РуВики). И как скоро NCBI реагирует на выход новых статей с изменениями в таксономии? Посмотрите также на ситуацию с родом Absidia. Это жук (по этой статье), и есть гриб (по NCBI в той же статье,[1] а жука в этой базе с таким именем нет; автор статьи тут понятно допустил ошибку, но я пока не стал исправлять, оставил для этой дискуссии, потом конечно уберём). По другим АИ этот Absidia не род, а подрод в составе рода Podistra (так пишет наш авторитетнейший питерский ЗИН РАН.[2]. Для NCBI не существует (пока) ни того (Absidia), ни другого (Podistra). -- Lasius 00:04, 20 июня 2010 (UTC)

Я согласен, что есть разноподчинёные таксоны, но как и писал выше они входят или в группу (unclassified group), или как правильно вы меня дополнили incertae sedis. Кроме того, определенный разнобой уже на уровне царств см. Проект:Таксономия/Упорядочим царства. Но списки так или иначе позволяют за этим проследить - о чем я и говорил в самом начале, без претензии что надо все выровнять. И в примере, который я привел - именно ошибка НАШЕЙ неточности. S.J. 00:07, 20 июня 2010 (UTC)

Теперь на счет сложности - с закачкой данных из NCBI, наоборот станет не нужным заниматься классификацией. И это не просто станет проще создавать таксо-шаблоны, - их просто не нужно будет делать. Для тех же организмов, которые не покрываются базой NCBI, можно сделать режим по старому - создавайте и не группируйте их в списки - станет их много, поговорим отдельно. S.J. 00:12, 20 июня 2010 (UTC)

Касательно, Absidia не вижу проблемы - гриб такой есть ? Так вот надо назвать Absidia (гриб) и Absidia (жук) и все вопросы. Для Absidia (гриб) классификация выстроится на основе данных из списков закаченных из NCBI, а для Absidia (жук) - вы построите отдельные таксо-шаблоны, ориентируясь на другие АИ. S.J. 00:22, 20 июня 2010 (UTC)

Перед принятием решения о именовании омоничных таксошаблонов, пожалуйста посмотрите Обсуждение шаблона:Таксон#Омонимы между родом и видом. Не хотелось бы смешивать французский и нижегородским:)) --Chan 02:40, 20 июня 2010 (UTC)

Я так понимаю, назревает вопрос о включению в систему таксонавигации сущности incertae sedis. Заранее выскажу своё отношение к этому. Я не вижу необходимости плодить новые сущности, удобные для реализации задуманных Сергеем шаблонов, но бессодержательные с точки зрения информативности карточки организма. Возможны и другие мнения, но они должным основательно мотивироваться, что бы их серьёзно обсуждать. --Chan 06:54, 20 июня 2010 (UTC)

Первый этап

1. Загружаем в списки из NCBI систематику Архей и Бактерий
2. На Археях (их всего 9) тренируемся, заставляя работать списки и переводя их с Taxobox на Таксон
3. На Бактериях закрепляем результат. S.J. 23:58, 19 июня 2010 (UTC)

Технически

Создадим альтернативную вселенную :)

Введем параметр parentNCBI в шаблон {{Таксон}}, списки будут форматироваться через {{TaxNCBI}}, с небольшими отличиями от {{TaxInfo}}. Те кто захотят, чтобы в статье классификация была по версии NCBI просто включит параметр. S.J. 00:49, 20 июня 2010 (UTC)

• Теперь ссылка ncbi отражается если она есть в таксо-шаблоне {{TaxNCBI}}. Пример, Археи, и соотв. шаблон {{Archaea}}. Таким образом после закачки таксо-шаблонов все ссылки будут проставлены и авто-отразятся. --S.J. 02:17, 20 июня 2010 (UTC)

Возражения

• Сергей, кто дал вам право навязывать сообществу классификацию именно из NCBI, реализуя особую связь шаблона Таксон с NCBI. Несомненно это уважаемый ресурс, но каждый участник имеет право признавать или не признавать изложенные там сведения, или подыскивать другие авторитетные источники, которые он считает более точными и значимыми. Ваши последние правки по внедрению {{TaxNCBI}} в шаблон Таксон неконсенсусны. Эти правки надо отменить. Сначала консенсус, затем изменения. Упражняйтесь в песочнице. Спешка нужна только при ловле блох. --Chan 02:56, 20 июня 2010 (UTC)
  • А Вы читать внимательно умеете ? Те кто захотят, чтобы в статье классификация была по версии NCBI просто включит параметр. Надо продолжить фразу ? - прошу - те кто не захотят, те не включат. S.J. 03:48, 20 июня 2010 (UTC)
  • подыскивать другие авторитетные источники, которые он считает более точными и значимыми - а вот эту фразу будьте любезны, прокомментировать подробно - как это ОН считает, т.е. хочу соглашаюсь с NCBI, хочу подыскиваю другое ... т.е. „как хочу так и пляшу“ ? S.J. 03:57, 20 июня 2010 (UTC)

• Еще, чтобы было ясно. Если бы у меня под руками была база, ну скажем ITIS, то ровно так же я предложил бы её сюда загрузить. Но её нету. Можно конечно делать руками. Тогда мы имеем два АИ. и можем выбирать по какому из низ показывать в конкретном организме как основной вариант, а какой как альтернативный (например, для Бактерий, Архей, Грибов и Протистов - предпочтительнее NCBI, возможно ITIS лучше подходит для растений, для Животных нужно решать в конкретном случае). Но совершенно не допустимо смешивать эти источники как заблагорассудится. Я надеюсь это тут понимают - и собственных предпочтений тут авторы не имею, а лишь руководствуются желанием наиболее полно отразить имеющеюся информацию ? S.J. 04:23, 20 июня 2010 (UTC)
  • Начнём с того, что я не вижу смысла загружать в Википедию вообще какую-либо базу с таксономическими сведениями (как и любыми другими) со стороны. Любой проект, подобный NCBI, это только один из вариантов взгляда на предметную область. Его можно хвалить, ругать или отрицать, но его база это только представление конкретной группы (пусть и весьма авторитетной и уважаемой) специалистов. Шаблон карточка организма с поддержкой таксономической навигации это очень мощный инструмент для оформления и систематизации биологических сведений в Википедии. Обеспечивая его средствами по заимствованию данных из NCBI мы создаём предпосылки к навязыванию участникам Википедии взглядов на систематику заложенных именно в NCBI. И не надо наивно утверждать, что весь этот функционал нейтрален и использование данных NCBI остаётся на усмотрение пользователей. Если вы ссылаетесь на какой либо ресурс и заимствуете его данные в конкретной статье Википедии, это вопрос обсуждения конкретной статьи. Но, если вы делаете это в широко используемом шаблоне, то это уже касается всей Википедии, и для такого решения нужны очень веские основания (желательно консенсус всего сообщества). Любая статья Википедии не принадлежит кому-либо. Утверждение: хочет автор использует параметр, а не хочет — не использует, не совсем честное. Если эта функциональность будет включена в шаблон, то через неделю или месяц в обсуждениях таксономических вопросов появятся оправдания: «шаблон Таксон поддерживает связь с NCBI, значит таксономические сведения должны браться от туда». Не надо создавать ложных предпосылок. Вы мотивируете свой выбор базы NCBI техническими возможностями. Вот это точно не аргумент. Формат представления данных не является главным достоинством данных, и не может служить критерием при выборе источника сведений. --Chan 06:36, 20 июня 2010 (UTC)
• Сергей, мне очень хорошо понятны твои мотивы: создан инструмент (действительно замечательный!) - и чешутся руки его загрузить "по полной". Очень прошу: не спеши! 1) Не следует загружать единую базу, во всяком случае пока. Мы ещё в стадии отладки. 2) Если когда-либо будет загружена таксономическая база "по умолчанию", то на мой взгляд, это Викивиды, несмотря на их (местами, знаю-знаю!) неполноту. Кстати, даже там у некоторых таксонов стоят значки, что их систематическое положение дискутируется. 3) По поводу конкретно NCBI я уже высказался, повторюсь: Мне ближе позиция К. Ю. Еськова, который, формулируя свои претензии к молекулярной систематике, писал: «…Всё, что (ею) предъявляется — это либо очевидные банальности (что мышь ближе к кролику, чем к дрозофиле, и все вместе они отличаются от мухомора), либо очень странные древеса, поверить в которые можно лишь вообще выкинув на помойку все данные сравнительной анатомии, палеонтологии и т. п. (вроде того, что членистоногие ближе к нематодам, чем к анелидам).» [3]. Классификация должна проводиться по максимальному числу признаков (взятых из самых различных областей биологии — от морфологии до биохимии). Ещё раз: анализ ДНК/РНК — штука полезная, но не единственная, и абсолютизировать его не стОит. --Arachn0 ^обс 07:49, 20 июня 2010 (UTC)

Чем же Вам так NCBI не угодил ? Не нравится точная и обоснованная информация ? Сдается мне тут есть просто желание откинуть АИ, и делать как хочется ... S.J. 07:58, 20 июня 2010 (UTC)

Давайте тогда так - в каждой конкретной статье Вы обоснуете отличие от NCBI ? На каком основании заявляются странные утверждения вроде К. Ю. Еськова ... которые лично я считаю просто безграмотными. Обоснуйте почему это мы не должны в первую очередь основываться на генетических исследованиях ... вы специалисты ? Ну, так прошу ... а я послушаю .. только по сути, я занимаюсь точными науками, и лирику ужно не люблю .. Есть какие то АИ позволяющие Вам утверждать, что можно игнорировать и пренебрегать данными NCBI ? S.J. 08:07, 20 июня 2010 (UTC)

• Итак, дайте примеры, в которых Вы считаете, просто уверены, что данные NCBI ложны и следует руководствоваться какими -то другими ? Без этого разговор пустой и не имеет содержания. Доведете ли Вы число таких примеров хотя бы до 100 чтобы были основания утверждать, то что вы пытаетесь обосновать выше ? Но давайте хотя бы начнем с 2-3 ... S.J. 08:12, 20 июня 2010 (UTC)

Ещё раз: я призываю не игнорировать, а не абсолютизировать. NCBI основывается ТОЛЬКО на биохимии. А классификация должна проводиться по максимальному числу признаков (взятых из самых различных областей биологии — от морфологии до биохимии). Единой и правильной на все времена классификации не существует вообще, поймите! Есть некий консенсус среди специалистов из разных отраслей биологии. Из располагаемых и доступных к импортированию, на мой взгляд, оптимум - Викивиды (хотя и там полно ляпов и лакун, безусловно!) Ну, а примеры... Ладно, поищу-доложу. --Arachn0 ^обс 08:19, 20 июня 2010 (UTC)

Не надо мне приписывать того чего нету - никто не пытается абсолютизировать, не стоит думать, что вашему оппоненту нужно что-то понимать больше чем вам. Я сам занимаюсь разработкой подходов к классификации - поэтому прекрасно понимаю о единой и правильной ... но это не обосновании по умолчанию брать не АИ, а какие то Викивиды, которые вообще ни на чем не основываются. S.J. 08:24, 20 июня 2010 (UTC)

Все дальше только примеры ... лирику больше не обсуждаю ... S.J. 08:27, 20 июня 2010 (UTC)

О! Пожалуйста - пример! С 1-го предъявления: Vesperinae в NCBI числится в Cerambycidae. Хотя уж в нашей Вики сказано: ... выделить эту группу (Веспериды, включая Vesperinae) сначала в отдельное подсемейство, а затем и в самостоятельное семейство жуков... Проведенный недавно, анализ хромосом, также подтвердил явные отличия этой группы от семейства Cerambycidae.
Вот тебе и АИ по молекулярной биологии! Тормоза! Так что спасибо за призыв найти примеры: если раньше моё отношение к закачке базы NCBI было скорее нейтрально-безразличным, то теперь оно просто негативное! --Arachn0 ^обс 08:29, 20 июня 2010 (UTC)

Vesperinae - т.е. как только подул ветер, мы должны это отражать ? Хотя ни NCBI, ни ITIS не выделяют даже такой группы как Vesperidae ? Вы считатет, что данных 2007 года достаточно для того, чтобы сменить систематику ? Где доля консерватизма ? S.J. 10:44, 20 июня 2010 (UTC) ?

Обычная история. Человек с техническим образованием столкнулся с биологической систематикой... ) Попытаюсь объяснить. Сергей, вся биологическая систематика, в том числе содержащаяся в базе NCBI не есть «точная и обоснованная информация». К сожалению. По этой причине, отдавать предпочтение какой-либо из баз данных нельзя. Ни Викивидам, ни NCBI, ни ITIS. Актуальность информации содержащейся в базах данных зависит от массы причин: специалисты какой страны ее заполняют (взгляды представителей различных национальных научных школ часто диаметрально противоположны), когда закончится или закончился грант на работу с базой данных, какого уровня специалисты занимаются её пополнением и т.п.
Систематика отдельных, активно изучаемых групп очень изменчива. Никакие крупные базы данных не в состоянии реагировать на новые публикации (т.к. это требует многочисленного персонала и хорошего финансирования, которого нигде нет).
ВП:НТЗ наиболее соответствует вариант при котором ссылки на всевозможные базы данных идут списком и заинтересованный пользователь может изучить все самостоятельно. Пример: Магония японская.
Что касается критики NCBI. Примеры:

• Род Sophronitis в настоящее время не существует (World Checklist of Sophronitis. The Royal Botanic Gardens, Kew.). Все виды отнесены к роду Cattleya. В NCBI устаревшая информация.
• Согласно NCBI род Aerangis включает 18 видов. Тогда как современные систематики включают в него около 50-ти (World Checklist of Aerangis. The Royal Botanic Gardens, Kew.).
• Согласно NCBI род Gastrochilus включает 2 вида. Тогда как современные систематики включают в него около 53-х (World Checklist of Gastrochilus. The Royal Botanic Gardens, Kew.).
• По последней отечественной сводке (Коблик Е. А., Редькин Я. А., Архипов В. Ю. 2006. Список птиц Российской Федерации. М.: Товарищество научных изданий КМК. 287 с ISBN 5-87317-263-3) Пухляк относится к роду Parus, по NCBI к роду Poecile.
• И т.п.

Идея с интеграцией шаблона с какими-то крупными базами данных типа NCBI безусловно хороша. При условии, что мы имеем дело не с биологической систематикой, а чем-то более точным и статичным... В нашем же случае, увы... Рекомендую смириться с тем, что время на попытку изменения и дополнение шаблона потрачено впустую. D.K. 10:52, 20 июня 2010 (UTC)

• взгляды представителей различных национальных научных школ - вот с чем я и имею дело :) ... и вся остальная лирика этим и обосновывается .. S.J. 11:00, 20 июня 2010 (UTC)

• Итак, стоит решить принципиальный вопрос: какой вес занимают базы данных по систематике versus отдельные научные работы отдельных авторов ? Что мы должны публиковать гипотезы или устоявшуюся систематику ?S.J. 11:02, 20 июня 2010 (UTC)
• И далее, как Вы считаете, новейшие факты должны иметь источники и сравниваться с предшествующей систематикой ? Не правда ли логично было бы показать как это было и как стало и почему ? Не это ли полная и достоверная информация в отличии от взгляды представителей различных национальных научных школ. Вы считаете мы должны отражать только один, я так понимаю, с ваших слов, произвольный взгляд ? S.J. 11:07, 20 июня 2010 (UTC)

Не только национальных. Внутри стран тоже есть противоборствующие научные школы. Такова жизнь научного сообщества.
Устоявшаяся систематика существует в группах которыми в данное время никто не занимается. Например жил в начале 19 века какой-то человек, серьезно занимался некими тварями, разложил все по "полочкам" и помер. С тех пор эта группа тварей никого не заинтересовала и с их систематикой все стабильно. С группами которые интенсивно изучают можно ориентироваться на часто обновляемые базы, но все они узкоспециализированные. Как правило, автор википедии пишет о какой-то узкой группе (скажем о птицах или муравьях) и знает, какой из источников информации о систематике в настоящий момент наиболее актуален. Без б.м. глубокого погружения в тему отслеживание актуальной информации затруднительно.
Наверное внутри проекта следует создать и поддерживать список актуальных АИ по возможно большему количеству групп на основе консенсуса.
Значимость отдельных научных статей, монографий и т.п. зависит от того, насколько автор авторитетен в своей области. Выражение «устоявшаяся систематика» относительно. Если систематику какой-то группы не пересматривают 10 лет, наверное можно считать ее устоявшейся, но не следует удивляться, если через год там все перелопатят.
В идеале в статьях должна присутствовать глава описывающая изменения в систематическом положении группы. Пример: Эпидендровые.
Думаю, что в случаях, когда систематика группы не устоялась в шаблоне лучше делать пропуски (например между названием семейства и видом), дабы не дезориентировать читателя. D.K. 11:32, 20 июня 2010 (UTC)

• • в шаблоне лучше делать пропуски (например между названием семейства и видом), дабы не дезориентировать читателя. - т.е. скрыть новейшую информацию, которая противоречит предыдущей систематики ? А толку то тогда с этой систематики ? S.J. 11:40, 20 июня 2010 (UTC)
    • Мы же не можем знать, является эта «новейшая информация» бредом или нет. Будет она опровергнута через пол года или нет. Вот вам типичный пример: скажем есть научный сотрудник однажды попавшийся на фальсификации данных. Об этом знают только узкие специалисты в его области. Этот научный сотрудник пишет статьи, выпускает монографии т.к. с формальной точки зрения он известный специалист в своей области. Но научное сообщество все его работы игнорирует т.к. человек давно утратил всякое доверие. Мы об этом не знаем и можем популяризировать ложную, ошибочную или не принимаемую научным сообществом информацию. В этой ситуации лучше подождать, пока новые взгляды на систематику группы не будут использоваться в материалах других специалистов.
      Спешить некуда. Впереди вечность. ) Например многие современные систематики скептически относятся к пересмотру устоявшихся взглядов на основе новейших молекулярных методов исследования. Иногда это узколобый консерватизм, но часто опыт и результат анализа имеющихся данных тех же молекулярных исследований. Не секрет, что методология молекулярных методов еще не устоялась и требует доработки. D.K. 12:01, 20 июня 2010 (UTC)

Переформулируем постановку вопроса

Итак, мы выяснили, что в NCBI содержится достоверная информация, но в ней не учтены новейшие исследования примерно за 10 последних лет, основанные на отдельных научных группах, но нигде не систематизированные. Поставим вопрос так - есть классификация которая была - во многом NCBI ей придерживается (по крайней мере нельзя сказать, что там данные от балды). Есть классификация так сказать на краю исследований. Желательно отражать и то и другое. Вопрос: достаточно ли нам 2 сравнительные системы ? Или бывает больше ? Сколько ? (фантазировать можно конечно как угодно - но наиболее обоснованно). И вопрос с другой стороны - на сколько эти классификации отличаются ? По основным рангам ? По промежуточным ? Как сильно могут задеть отличия - можно ли говорить скажем только о различающихся 2-3 рангах в разных версиях ? Если мы стремимся к точности - нужно указывать несколько вариаций, а не случайным образом выбирать одну ... И тогда не проще ли отталкивать от того, что было и с помощью определенного средства (о тех. деталях пока не говорим) - показать новейшие отличия по сравнения с классификацией которая была (например, по сравнению с NCBI) - сама эта информация уже ценна ... S.J. 11:57, 20 июня 2010 (UTC) Я предлагаю - не загружать читателя не очевидными ссылками - а обработать для него информацию - показать в чем проблема классификации в том или ином случае, ведь альтернативные классификации появляются не просто от желания напридумывать уровни, а из-за объективных отличий ... так почему же эти отличия и не показать, не показать почему одни считают так а другие по другому ? S.J. 12:01, 20 июня 2010 (UTC)

Взглядов на систематику в целом и отдельных групп организмов может быть множество. Свет не сошёлся клином на столь любезной вам NCBI, ни на любой другой базе. В карточке организма должна быть представлена единая классификация, выработанная участниками Википедии на принципах консенсуса исходя из своих представлений о предмете и авторитетных источниках. Все другие взгляды мнения и доводы, отличные от представленных в карточке организма, могут и даже должны быть описаны в статье, но карточка должна отражать единую согласованную между участниками классификацию. См Википедия:Биологические статьи#Классификация.--Chan 12:18, 20 июня 2010 (UTC)