Cedratvirus

*Cedratvirus*
Cedratvirus
Научная классификация
	Группа: Вирусы Реалм: incertae sedis Семейство: Pithoviridae Род: Cedratvirus
Международное научное название
	Cedratvirus
Виды
	Cedratvirus A11; Cedratvirus getuliensis; Cedratvirus lausannensis;
Группа по Балтимору
	I: дцДНК-вирусы

Cedratvirus (лат.) — род гигантских вирусов из семейства Pithoviridae, имеющий вирионы яйцевидной формы. Cedratvirus отличается от других вирусов наличием двуслойных покровов^[3].

Первый представитель рода Cedratvirus A11 описан в 2016 году при совместной культивации амёб Acanthamoeba castellanii с различными образцами окружающей среды, взятыми из Алжира^[3].

По состоянию на ноябрь 2018 года род Cedratvirus не зарегистрирован в базе данных Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV)^[4].

Описание

Вирионы Cedratvirus достигают в длину от 1 до 1,2 мкм и до 0,5 мкм в диаметре. По форме вирионы яйцевидные и похожи на вирионы Pithovirus sibericum, кроме того, они имеют двуслойные покровы. Толщина покровов вириона различна в разные стадии инфекционного цикла. На ранних этапах инфекции наружный слой имеет толщину 40 ± 5 нм, а позднее утолщается до 55 ± 5 нм. Такие изменения могут быть вызваны интернализацией вирусных частиц в фагосомах и вакуолях амёбы, а также постепенным разрушением вирионов после выхода вирусной ДНК в цитоплазму клетки. Как и у P. sibericum, ДНК выходит в цитоплазму через особое отверстие в капсиде^[3].

Геном Cedratvirus представлен двуцепочечной кольцевой молекулой ДНК, состоящей из 589068 пар оснований (п. о.). GC-состав генома равен 42,6 %. Несмотря на морфологическую схожесть вирионов с вирионами Pithovirus, геном Cedratvirus короче, чем у P. sibericum и P. massiliensis, на 21 и 97 тысячу п. о. соответственно. В геноме Cedratvirus не выявлено палиндромных^[англ.] повторяющихся последовательностей, однако обнаружено 27 возможных областей повторов. В геноме Cedratvirus закодировано 574 предсказанных белков, что больше, чем у вирусов рода Pithovirus. Генов тРНК в геноме не обнаружено. Для 177 белков Cedratvirus в базах данных не удалось найти гомологов. 258 его белков гомологичны белкам других вирусов, 108 — белкам эукариот и лишь 31 — белкам прокариот. Среди вирусных белков 84,1 % гомологов принадлежат Pithovirus. Белки-гомологи эукариотического происхождения принадлежат зелёной водоросли Micromonas pusilla, амёбе-хозяину A. castellanii и бурой водоросли Ectocarpus siliculosus^[англ.]. Из тех генов Cedratvirus, которые удалось аннотировать, многие задействованы в уникальных для гигантских вирусов процессах: например, были найдены гены биосинтеза ароматических аминокислот^[англ.] и ген D-3-фосфоглицератдегидрогеназы^[англ.]. Также выявлены две копии гена рибонуклеазы III и один дальний гомолог гена рибонуклеазы H^[3].

Жизненный цикл

Инфекционный цикл Cedratvirus начинается стандартно для гигантских вирусов: вирионы фагоцитируются амёбой, попадают в фагосомы и далее вакуоли, после слияния внутренней вирусной мембраны и мембраны вакуоли вирусная ДНК выходит в цитоплазму. В выходе ДНК задействован, по-видимому, только один слой двуслойного капсида. В цитоплазме также выявляется некоторое количество пустых вирусных частиц, не содержащих ДНК. Через 4 часа после заражения в цитоплазме клетки появляется вирусная фабрика. Через два—четыре часа в них выявляются зрелые вирионы, хотя образование новых частиц не останавливается. Через 10 часов после заражения культуры некоторые клетки разрываются, высвобождая вирусные частицы, а через 24 часа после заражения наступает полный лизис культуры^[3].

Филогения и родственные связи

Считается, что ближайшими родственниками Cedratvirus являются Pithovirus sibericum и Pithovirus massiliensis, поэтому предварительно оба рода относят к семейству Pithoviridae^[3]. В 2017 году было объявлено об открытии ещё одного представителя Cedratvirus — Cedratvirus lausannensis, который также близок к Pithovirus. Он был обнаружен в образце воды для полива растений во Франции^[5]. В 2018 году был описан ещё один представитель рода — Cedratvirus getuliensis, который был обнаружен в Бразилии^[6]. Филогенетический анализ 2018 года показал, что бразильский вирус образует отдельную эволюционную ветвь в роде Cedratvirus^[7].

Примечания

↑ Таксон не признан Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV).
↑ Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
↑ ¹ ² ³ ⁴ ⁵ ⁶ Andreani J., Aherfi S., Bou Khalil J. Y., Di Pinto F., Bitam I., Raoult D., Colson P., La Scola B. Cedratvirus, a Double-Cork Structured Giant Virus, is a Distant Relative of Pithoviruses. (англ.) // Viruses. — 2016. — 3 November (vol. 8, no. 11). — doi:10.3390/v8110300. — PMID 27827884. [исправить]
↑ Search Cedratvirus in ICTV database (неопр.). Дата обращения: 11 ноября 2018. Архивировано из оригинала 4 октября 2013 года.
↑ Bertelli C., Mueller L., Thomas V., Pillonel T., Jacquier N., Greub G. Cedratvirus lausannensis - digging into Pithoviridae diversity. (англ.) // Environmental Microbiology. — 2017. — October (vol. 19, no. 10). — P. 4022—4034. — doi:10.1111/1462-2920.13813. — PMID 28618143. [исправить]
↑ Silva LKDS, Andrade ACDSP, Dornas F. P., Rodrigues RAL, Arantes T., Kroon E. G., Bonjardim C. A., Abrahão J. S. Cedratvirus getuliensis replication cycle: an in-depth morphological analysis. (англ.) // Scientific Reports. — 2018. — 5 March (vol. 8, no. 1). — P. 4000—4000. — doi:10.1038/s41598-018-22398-3. — PMID 29507337. [исправить]
↑ Rodrigues RAL, Andreani J., Andrade ACDSP, Machado T. B., Abdi S., Levasseur A., Abrahão J. S., La Scola B. Morphologic and Genomic Analyses of New Isolates Reveal a Second Lineage of Cedratviruses. (англ.) // Journal Of Virology. — 2018. — 1 July (vol. 92, no. 13). — doi:10.1128/JVI.00372-18. — PMID 29695424. [исправить]

Ссылки

Cedratvirus A11 (англ.) на сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI). (Дата обращения: 21 ноября 2018).
Cedratvirus lausannensis (англ.) на сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI). (Дата обращения: 21 ноября 2018).

[1] Таксон не признан Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV).

[2] Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).

[first-3] ¹ ² ³ ⁴ ⁵ ⁶ Andreani J., Aherfi S., Bou Khalil J. Y., Di Pinto F., Bitam I., Raoult D., Colson P., La Scola B. Cedratvirus, a Double-Cork Structured Giant Virus, is a Distant Relative of Pithoviruses. (англ.) // Viruses. — 2016. — 3 November (vol. 8, no. 11). — doi:10.3390/v8110300. — PMID 27827884. [исправить]

[4] Search Cedratvirus in ICTV database (неопр.). Дата обращения: 11 ноября 2018. Архивировано из оригинала 4 октября 2013 года.

[5] Bertelli C., Mueller L., Thomas V., Pillonel T., Jacquier N., Greub G. Cedratvirus lausannensis - digging into Pithoviridae diversity. (англ.) // Environmental Microbiology. — 2017. — October (vol. 19, no. 10). — P. 4022—4034. — doi:10.1111/1462-2920.13813. — PMID 28618143. [исправить]

[:1-6] Silva LKDS, Andrade ACDSP, Dornas F. P., Rodrigues RAL, Arantes T., Kroon E. G., Bonjardim C. A., Abrahão J. S. Cedratvirus getuliensis replication cycle: an in-depth morphological analysis. (англ.) // Scientific Reports. — 2018. — 5 March (vol. 8, no. 1). — P. 4000—4000. — doi:10.1038/s41598-018-22398-3. — PMID 29507337. [исправить]

[7] Rodrigues RAL, Andreani J., Andrade ACDSP, Machado T. B., Abdi S., Levasseur A., Abrahão J. S., La Scola B. Morphologic and Genomic Analyses of New Isolates Reveal a Second Lineage of Cedratviruses. (англ.) // Journal Of Virology. — 2018. — 1 July (vol. 92, no. 13). — doi:10.1128/JVI.00372-18. — PMID 29695424. [исправить]

[3]

[2]

[1]

[4]

[5]

[6]

[7]